百蕊草在乱世中得以更好地传承。即便在政权更迭、战火纷飞的年代，民间医者与百姓依然坚守着对百蕊草的应用经验，通过口耳相传、师徒相授，将这株灵草的智慧传递下去。而陶弘景的记载，也为后世保留了魏晋时期百蕊草应用的珍贵文献资料，让“口传知识”与“文献记载”的互动得以延续。
唐宋时期，中国传统医学进入鼎盛阶段，本草学着作层出不穷，百蕊草的应用也迎来了前所未有的发展。唐代官修《新修本草》（又称《唐本草》），是中国历史上第一部官修药典，其中对百蕊草的记载更为详实，不仅沿用了《神农本草经》的核心功效，还新增了“治急慢性咽喉炎、扁桃体炎”等具体病症，并附上了详细的炮制规范：“百蕊草，夏、秋二季采收，除去杂质，洗净，晒干。用时切段，生用。”
北宋时期，苏颂编撰《本草图经》，首次为百蕊草绘制了形态图，详细描述了其植株形态、生长环境：“百蕊草，多生阴湿山谷、溪畔草丛中，茎纤细，高五至十五厘米，叶互生，线形，花绿白色，五瓣，中心有百蕊，故名。”这让百蕊草的辨识更加直观，避免了因形态相似而误采误用的情况。同时，《本草图经》还收录了大量民间新的病案与验方，进一步丰富了百蕊草的临床应用。
在北宋都城汴京，有一位着名的儿科医者钱乙，擅长治疗小儿疾病，被誉为“儿科之圣”。钱乙在临床实践中发现，小儿脏腑娇嫩，易受热毒侵袭，常出现肺热咳喘、咽喉肿痛、惊风等症，而百蕊草性微寒，清热解毒而不伤脾胃，非常适合小儿使用。他根据小儿体质特点，创制了“百蕊小儿清热方”：百蕊草三钱，蝉蜕一钱，连翘二钱，生甘草一钱，水煎服，每日一剂，分三次服用。
有一次，汴京城中一位富商的幼子，年仅两岁，突发高热、惊厥，咽喉红肿，无法进食。富商请了多位医者诊治，均不见好转，情急之下，找到了钱乙。钱乙为小儿诊脉，见其脉象浮数，舌红苔黄，判断为热毒内蕴、外感风邪所致的小儿惊风。他立即开具“百蕊小儿清热方”，并亲自指导富商煎药、喂药。服药后，小儿惊厥渐止；两剂后，高热退去，咽喉红肿缓解；三剂后，已然能正常进食、玩耍。富商对钱乙感激不已，重金相赠，钱乙却婉言谢绝：“此非我之功，乃百蕊草之效，民间智慧之结晶也。”
钱乙将“百蕊小儿清热方”收录于其着作《小儿药证直诀》中，并详细记录了相关病案，为后世儿科应用百蕊草提供了重要参考。此外，宋代还有许多医者在临床实践中不断拓展百蕊草的应用范围，如用百蕊草配伍杏仁、苏子，治疗痰热壅肺所致的哮喘；用百蕊草配伍丹皮、赤芍，治疗血热所致的皮肤瘀斑；用百蕊草配伍黄芪、白术，治疗气虚合并热毒所致的疮疡久不收口。
到了明代，李时珍编撰《本草纲目》，对百蕊草的记载达到了新的高度。李时珍亲自深入山野，实地考察百蕊草的生长形态、采收时节，结合历代文献记载与民间实践，对其功效进行了全面总结：“百蕊草，清热解毒，利咽化痰，凉血止血，消肿生肌。治肺热咳嗽，咽痛喉痹，痰少黏稠，鼻衄咯血，小儿惊风，疮疡肿毒，跌打损伤，湿疹痱子，急慢性咽喉炎，扁桃体炎。”他还在书中收录了一个治疗“麻疹合并肺炎”的病案：“小儿出疹，高热不退，咳嗽气喘，鼻翼煽动，用百蕊草五钱，金银花四钱，连翘三钱，桑叶二钱，杏仁二钱，水煎服，每日一剂，三剂即愈。”
《本草纲目》的成书，让百蕊草的药用价值得到了前所未有的认可，其应用也从民间走向了更广泛的医疗领域。此时，百蕊草不仅被载入各类本草着作，还成为医者临床处方中的常用药材，形成了“实践积累—文献记载—临床推广—再实践完善”的完整闭环。而这一过程，正是中国传统医学“实践先于文献”“源于生活、高于生活”智慧的生动体现。
明清以降，商品经济发展，民间医药行业日益繁荣，百蕊草作为一味常用的民间草药，在百姓日常生活中的应用更加广泛。无论是城镇药铺，还是乡村郎中，都将百蕊草列为必备药材，而民间关于百蕊草的验方、病案也通过师徒相授、家族传承、地方史志等多种形式得以延续和丰富。
在清代江南水乡，有一位名叫沈善思的民间郎中，出身医药世家，其祖辈世代行医，积累了大量关于百蕊草的应用经验。沈善思自幼跟随祖父学医，不仅精通百蕊草的辨识、炮制、配伍，还注重从民间搜集新的验方与病案。他发现，随着生活方式的改变，百姓的病症也发生了变化，百蕊草的应用也需要与时俱进。
一日，邻村一位妇人前来就诊，自述产后半月，出现发热、乳房红肿疼痛、乳汁不通等症状，伴有口干舌燥、心烦易怒。沈善思为其诊脉，见其脉象弦数，舌红苔黄，判断为肝郁化火、热毒郁结所致的乳痈。他想起祖父传下的验方，用百蕊草五钱，蒲公英一两，柴胡三钱，当归三钱，穿山甲二钱，水煎服，每日一剂。同时，他还教妇人用百蕊草鲜品捣烂，加少量黄酒调和，外敷乳房红肿处。
妇人依方用药三日，发热退去，乳房红肿疼痛缓解；五日后，乳汁通畅，诸症皆消。沈善思将此案记录在自己的《百蕊草临床应用札记》中，并批注道：“产后乳痈，多由肝郁化火、热毒郁结所致，百蕊草清热解毒、凉血消肿，蒲公英助其清热之力，柴胡疏肝理气，当归养血活血，穿山甲通经下乳，配伍得当，疗效显着。”
除了乳痈，沈善思还用百蕊草治疗了许多其他病症。有一位渔民，长期在水上劳作，受潮热侵袭，患上了慢性支气管炎，每到秋冬季节便咳嗽不止，痰多黏稠。沈善思为其诊脉，见其脉象滑数，舌苔黄腻，判断为痰热蕴肺所致。他用百蕊草四钱，瓜蒌皮三钱，川贝母二钱，桔梗二钱，陈皮二钱，水煎服，每日一剂。渔民服用一个月后，咳嗽明显好转；连服三个