川、湖广、广西军务兼贵州巡抚。
朱燮元并没有贸然征讨奢崇明，而是招流移，广开垦，恢复经济；据险要，立营垒，充实军伍。
过了一年，兵马粮草充足，这才出兵。
安邦彦自号“四裔大长老”，奢崇明称“大梁王”，分兵守陆广、鸭池、三岔等要地，并进逼遵义，合兵十万进击赤水。
朱燮元授计佯败，诱敌至永宁一带，先后在五峰山、桃红坝、鹅项岭，大败叛军，斩首数万级，安邦彦、奢崇明败死，叛军主力基本消灭。
但水西土官安位依然率余部继续顽抗。朱燮元认为叛乱基本平息，不愿再大动干戈，于是遣使招降安位。
但安位犹豫不决，朱燮元遂采取“四面迭攻，渐次荡涤”的作战方针，屯兵险要，四面包围，逐步压缩。
经过一百多天的围剿，斩叛军万余人。安位实在没办法了，只能投降。
朱燮元于是献善后奏疏，请求将新收土地封予封有功将士。