使，与参将俞大猷镇之，程乡贼平后，移巡惠州……
隆庆初，改宣府口北道，加右参政，旋擢右佥都御史，巡抚山西，隆庆四年正月移大同。
隆庆五年，俺答犯威远堡，别部千余骑攻靖卤，方逢时设伏兵击退。
同年冬，俺答孙把汉那吉来降，方逢时与总督王崇古共决大计，挟把汉以索叛人赵全等，因功进兵部右侍郎兼右佥都御史，后因丁忧归乡。
万历二年，起故官，巡抚山西军务，申明约信，使边境安宁。
在任期间，亲自巡视塞外，提出修筑要塞等建议并付诸实施……
万历四年，前往两广担任总督……而此时的方逢时还在广西……
在听完张居正的建议后，朱翊钧沉默许久……随后，还是开口说道：“那就方逢时吧……”
听到朱翊钧同意方逢时担任兵部尚书，张居正也是暗自松了一口气。
“大伴……”
“奴婢在。”
“拟旨，调方逢时回京。”
“是，陛下。”冯保恭敬应道。
实际上，这个时候的朱翊钧没有更好的选择，方逢时前来担任兵部尚书，即便不会有胡宗宪这般用的顺手，但在任上也不会出现什么大的波动……