各回各的郡县，还给他们安排了官吏，然后就带兵回去了。武陵蛮的叛乱就这么平定了。宗均还没回到朝廷，就先上书弹劾自己假传圣旨的罪过。刘秀不仅没责怪他，还倒赞赏他立了大功，就派人去迎接他，又给他赏赐了金银布帛，还允许他回家祭祖。
这一年，辽西地区乌桓族的首领郝旦等人，带着手下人归顺了汉朝。接着，刘秀就下诏书封了乌桓族八十一个人当侯、王、君长，还安排他们住在汉朝边塞以内，把他们分散在边境各个郡县居住。朝廷给他们提供吃的穿的，还让他们把其他族人也招来，同时让他们帮忙刺探情报，跟着一起打匈奴和鲜卑。当时，司徒掾班彪向刘秀上书说：“乌桓人天生性子浮躁又狡猾，就喜欢干抢劫的勾当。要是一直由着他们的性子胡来，又没人管，他们肯定还会跑出来抢劫老百姓的。要是只派负责招降的小官吏去管，那根本镇不住他们。我觉得应该重新设立乌桓校尉这个官职，这样既能把他们安顿好，还能减少边疆的麻烦。”刘秀觉得班彪说得有道理，就同意了。随后，汉朝就在上谷宁城重新设立了乌桓校尉这个官职，还在那里建立了办公和驻军的地方。乌桓校尉不仅要管理乌桓族，还负责给鲜卑族发放赏赐、接收人质，以及每年组织双方和汉朝进行贸易往来 。
公元50年正月，刘秀下了道命令，准备给百官涨工资。不过这工资涨得有点不一样，千石以上的大官，工资比西汉时候少了些；六百石以下的小官，工资比以前多了。
这一年，刘秀开始让人给自己修建陵墓。他说：“以前的帝王，陵墓里就拿陶俑、瓦器、木车、草扎的马这些不值钱的东西陪葬，所以后来人都找不到他们的墓在哪里。汉文帝明白生死是咋回事，汉景帝又孝顺，后来天下乱成那样，汉文帝的霸陵都没被盗挖，这多好啊！我打算把陵墓就占个两三顷地，不堆高大的封土，也不挖大水池，就弄点流水经过就行。等以后时间长了，我的陵墓看起来就跟土丘一样。”
随后，刘秀就派中郎将段郴、副校尉王郁去出使南匈奴，帮他们建立王庭，地点就在离五原西部边塞八十里的地方。到了宣读诏书的时候，使者就让南匈奴单于跪下接旨，单于犹豫了一下，才跪在地上听旨。接完旨后，单于就通过翻译跟使者说：“我现在刚当上单于，在手下人面前还有点不好意思，希望使者大人以后别当着大伙的面让我下不来台。”刘秀又下令让南单于搬到云中去住，还专门设置了使匈奴中郎将这个官职，并派军队保护南单于。
到了夏天的时候，南单于抓来的北匈奴薁鞬左贤王，带着手下还有南匈奴这边五个骨都侯，总共三万多人叛变了。他们跑到离北匈奴王庭三百多里的地方，自立为单于。结果才一个多月，他们内部就开始火拼，五个骨都侯全死了，左贤王也自杀了，几个骨都侯的儿子就各自带着兵守着地盘。秋天的时候，南单于把儿子送到了汉朝，算是表示臣服。刘秀就赏赐给南单于帽子、腰带、官印、车马、金银布帛、武器、日常用具等物品。还从河东调了两万五千斛米、三万六千头牛羊，给南匈奴送去。刘秀又让中郎将带着五十个免了刑罚的犯人，跟着单于驻扎在云中，以帮助他们处理两国人民的纠纷，还命令他们监视周边国家的情况。从这以后，每年年底南单于都会派使者给朝廷送奏章，还把儿子送来当人质，汉朝就派谒者把之前的人质送回去，还会赐给单于、单于老婆、左右贤王这些人一万匹彩色丝绸，年年如此。这样一来，云中、五原、朔方、北地、定襄、雁门、上谷、代这八个郡的百姓，就都能回老家了。朝廷还派谒者带着免刑的犯人，回去修整城墙房屋，并把之前迁到内地的边民也送回去，还给他们发钱，调拨粮食。可当时城郭都成了废墟，一切都得从头再来，刘秀这才后悔当初把边民迁走的决定。
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到了冬天，南匈奴那五个骨都侯的儿子，又带着三千人跑回来归附南单于。北单于看到这种情形，就派骑兵追了过来，最后把这些人全抓走了。南单于看到他们不把自己当人，就派兵抵抗，结果没打赢。于是，刘秀就又下令让南单于搬到西河美稷去居住，还让段郴、王郁留在西河帮忙。除此之外，刘秀还让西河长史每年带着两千骑兵、五百个免刑犯人，协助中郎将保护南单于，让他们冬天驻扎在那，夏天再撤回来，以后都这么办。南单于到西河后，就分封了各个部的王，让他们帮助汉朝守着北地、朔方、五原、云中、定襄、雁门、代郡这些地方，还让他们各自带着手下，帮汉朝的郡县去放哨、侦察。这下北单于有点害怕了，就开始把以前抢走的汉朝百姓送回来示好。每次南下抢劫时，要是路过汉朝的哨所，就都会解释说：“我们就是去追那些叛逃的人，不敢欺负汉朝的百姓。”
公元51年的四月，大司徒王况去世。
五月，刘秀就下诏，将司徒、司空的官职名称中的“大”字去掉，并改大司马为太尉。又罢免了骠骑大将军、行大司马刘隆的官职，同时任命太仆赵熹为太尉，大司农冯勤为司徒。
此时的北匈奴派使者来到武威，提出要和汉朝和亲的请求。面对北匈奴的请求，刘秀就把大臣们召集到朝堂上商量，大家一时也拿不定主意。就在大家不知所措的时候，皇太子站出来说：“现在南匈奴刚归顺我们，北匈奴是害怕被我们攻打，所以现在密切的关注局势的发展，最终就决定归附。要是我们现在不去攻打他们，反而和他们交往，我担心南匈奴会起二心，以后北匈奴想投降的人也不会来了。”刘秀觉得皇太子说得在理，就下令让武威太守别接待北匈奴的使者。
而朗陵侯臧宫和扬虚侯马武给刘秀上书说：“匈奴就是一群贪图利益的家伙，没什么礼义信用可言，日子过不下去了就向我们磕头称臣，稍微好点了就跑来抢劫。现在匈奴那边因为瘟疫，死了很多人和牲畜，他们那边又闹旱灾和蝗灾，导致土地都荒了，他们现在弱得不行