二月初四，孙昙瓘等兵败，与袁标一同弃城逃走，于是攻克晋陵。
吴喜率军抵达义乡。孔璪驻扎在吴兴南亭，太守王昙生前往孔璪处商议事务；得知朝廷军队已经逼近，孔璪大为恐惧，从床上摔下来，说：“朝廷悬赏捉拿的人，只有我而已；如今不赶紧逃走，就要被人擒获了！”于是与王昙生逃奔钱唐。吴喜进入吴兴，任农夫领兵前往吴郡，顾琛弃郡逃奔会稽。明帝因吴、吴兴、义兴、晋陵四郡已经平定，便留下吴喜统领沈怀明等将领向东攻打会稽，征召张永等向北攻打彭城，江方兴等向南攻打寻阳。
又任命吏部尚书蔡兴宗为左仆射，侍中褚渊为吏部尚书。
二月初九，吴喜抵达钱唐，孔璪、王昙生逃奔浙东。吴喜派遣强弩将军任农夫等领兵前往黄山浦；东部叛军沿河岸扎寨，任农夫等击败叛军。吴喜从柳浦渡江，攻取西陵，击杀庾业。会稽人对此极为恐惧，将士大多逃亡，孔觊已经无法控制局势了。二月二十日，上虞县令王晏起兵攻打会稽郡城，孔觊逃奔嵴山；车骑从事中郎张绥封存府库等待吴喜。二月二十一日，王晏进入郡城，杀死张绥，在偏殿抓获寻阳王刘子房。紧接着，放纵士兵大肆抢掠，府库被洗劫一空；擒获孔璪，并将其斩首。二月二十二日，嵴山百姓捆绑着孔觊送给王晏，王晏对他说：“这事是孔璪干的，与你无关，你可以写一份自首状，我会为你向皇上申诉。”孔觊说：“江东的谋划部署，没有一件不是我做主的；把罪责推给别人以求活命，这是你们这类人的做法罢了。”王晏于是将他斩首。顾琛、王昙生、袁标等人前往吴喜处请罪，吴喜都宽恕了他们。东部叛军的主将共有七十六人，在战场上斩杀十七人，其余的全部赦免。
薛索儿攻打申阐，久攻不下；派申令孙进入睢陵劝说申阐，申阐出城投降，薛索儿随后下令让申令孙杀死申阐。
山阳王刘休佑驻扎在历阳，辅国将军刘勔进军小岘。殷琰任命的南汝阴太守裴季之献出合肥投降朝廷。
邓琬性情鄙陋昏庸、贪婪吝啬，掌握大权后，父子二人卖官鬻爵，还派婢女仆役到集市上贩卖物品；日夜沉迷于饮酒高歌、下棋赌博，毫无节制；还自视甚高，有宾客登门拜访，往往十几天都见不到他；内部事务全部委托给褚灵嗣等三人，一群小人横行霸道，争相作威作福。于是官吏百姓怨声载道，朝廷内外人心离散。
邓琬派遣孙冲之率领龙骧将军薛常宝、陈绍宗、焦度等一万兵力作为前锋，占据赭圻。孙冲之在途中给晋安王刘子勋写信说：“船只已经备好，粮草武器也已整顿完毕，三军将士斗志昂扬，人人争相效命；正准备沿江东下，直取白下。希望迅速派遣陶亮等大军日夜兼程前来接应，分兵占据新亭、南州，那么一声令下就能平定京都。”刘子勋加封孙冲之为左卫将军；任命陶亮为右卫将军，统领郢、荆、湘、梁、雍五州兵力共计二万人，一同东下。陶亮本无才干谋略，得知建安王刘休仁率军北上，殷孝祖又已赶到，因此不敢前进，驻军于鹊洲。
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殷孝祖自恃忠诚节气，便轻视侮辱各位将领，朝廷军队中凡是父子兄弟在南方叛军辖区的，殷孝祖全都想追究治罪。因此人心背离，没人愿意为他效力。宁朔将军沈攸之，对内安抚将士，对外协调各位将领，众人都依赖他。殷孝祖每次作战，常常让仪仗队跟随在身边，军中将士相互议论说：“殷统军可以说是找死的将领啊！如今与叛军交战，却用仪仗队标榜自己，要是有十个擅长射箭的人一起射击他，想不死都难！”三月初三，各路军队水陆并进，攻打赭圻；陶亮等领兵救援，殷孝祖在战场上被流箭射中，战死。军主范潜率领五百人向陶亮投降。人心极为震骇，众人都认为沈攸之应当接替殷孝祖担任主帅。
当时建安王刘休仁驻扎在虎槛，派遣宁朔将军江方兴、龙骧将军襄阳人刘灵遗各自率领三千人赶赴赭圻。沈攸之认为殷孝祖已死，陶亮等人有乘胜进攻的心思，第二天如果不再发起进攻，就会向叛军示弱。江方兴与自己职位相当，必定不会屈居自己之下；军政不统一，是导致失败的原因。于是率领各位军主前往江方兴处说：“如今四方都在反叛，国家所保住的，不过百里之地。只有殷孝祖被朝廷托付重任，可刚一交战，就兵败身亡，文武官员士气低落，朝野上下人心惶惶。事情能否成功，就看明天这一战了；如果作战失利，那么国家大事就无可挽回了。明天的战事，众人有的认为应当由我统领，我自忖懦弱浅薄，才干谋略不如你。现在就推举你为主帅，我们只应当同心协力作战罢了。”江方兴听后十分高兴，便答应了他。沈攸之出来后，各位军主都责怪他，沈攸之说：“我本来是为了救国保家，哪里计较职位的升降！况且我能屈居他之下，他必定不能屈居我之下。共同渡过难关，怎么能计较彼此的异同呢！”孙冲之对陶亮说：“殷孝祖是一员猛将，一战就被杀死，天下大事已经定了，不必再交战，应当直接攻取京都。”陶亮没有听从。
三月初四，江方兴率领各路军队进军交战，建安王刘休仁又派遣军主郭季之、步兵校尉杜幼文、屯骑校尉垣恭祖、龙骧将军京兆人段佛荣等三万人前往会合作战，从寅时到午时，大败叛军，追击到姥山后返回。杜幼文是杜骥的儿子。
孙冲之在湖口、白口修筑两座城池，军主竟陵人张兴世攻下了这两座城。
三月初五，明帝下诏任命沈攸之为辅国将军、假节，接替殷孝祖都督前锋诸军事。
陶亮得知湖口、白口两座城池失守，大为恐惧，急忙召孙冲之返回鹊尾，留下薛常宝等人驻守赭圻；原先在姥山及各山冈设置的营寨，也全部撤回，合力据守浓湖。
当时战事大规模兴起，国家财政不足，朝廷招募百姓捐献钱财粮食，赏赐给他们荒芜的县、郡，或者授予五品至三品不等的散官爵位。
军中粮食短缺，建安王刘休仁安抚慰问将士