。元丕的两个儿子、一个弟弟，带头作乱，连坐应当处死，朕特意宽恕他们贬为平民。朕原本期望与他们始终同心，没想到他们自己弃绝情义，违背朕的心意，实在令人悲痛！因此特意告知你们，想必你们不会感到奇怪。除了谋反之事，朕对你们的信任如白日般明朗。”李冲、于烈都上奏表谢恩。
对此，司马光说：授予或削夺爵位俸禄，决定生杀赏罚，这是君主驾驭臣子的重要权柄。因此古代圣王的制度规定，即使是亲属、故旧、贤才、能臣、功臣、贵族、勤吏、宾客，倘若犯了罪，也不会直接赦免，必定要在朝廷上商议，该赦免就赦免，该宽恕就宽恕，该判刑就判刑，该处死就处死。刑罚的轻重根据情节而定，政令的宽严顺应时势。所以君主能够施予恩惠而不丧失威严，臣子能够免于罪责而不敢自恃有功。到了北魏却不是这样，对于功勋显贵的大臣，常常预先许诺他们不死；让他们因此骄横而触犯刑律，之后又顺势将他们诛杀。这是用不讲信用的政令引诱臣子陷入死地啊。刑罚政令的失误，没有比这更严重的了！
当时，代郡的旧贵族大多与穆泰等人勾结谋反，只有于烈一族没有参与其中，孝文帝因此更加器重他。孝文帝考虑到北方酋长以及作为人质的王子们畏惧炎热的天气，便准许他们秋季到洛阳朝见，春季返回部落，当时的人称他们为“雁臣”。
北魏废太子元恂被废后，颇为后悔自己的所作所为。御史中尉李彪秘密上奏表，告发元恂又与身边的人谋划反叛，孝文帝派遣中书侍郎邢峦与咸阳王元禧，奉诏令携带椒酒前往河阳，赐元恂自尽，用粗陋的棺材和普通的衣服收敛他的尸体，埋葬在河阳。
癸未日，北魏大将军、宋明王刘昶在彭城去世，朝廷追赠他九锡之礼，用特殊的礼仪安葬他。
五月，壬戌日，北魏征调冀、定、瀛、相、济五州的兵马二十万，准备入侵南齐。
北魏穆泰谋反时，中书监、魏郡公穆罴与他通谋，大赦之后事情败露，穆罴被削夺官爵，贬为平民。穆罴的弟弟、司空穆亮将府中事务托付给司马慕容契，上奏表弹劾自己，孝文帝下诏优待，不允许他辞职；穆亮坚持请求不已，癸亥日，孝文帝准许穆亮退位。
秋季，七月，甲午日，北魏册立昭仪冯氏为皇后。皇后想要以母亲的身份抚养太子元恪；元恪的母亲高氏从代郡前往洛阳，在共县突然去世。
八月，齐明帝追尊景皇（父亲萧道生）的生母王氏为恭太后。甲戌日，北魏在华林园举行军事演习；庚辰日，大军从洛阳出发。孝文帝任命吏部尚书任城王元澄留守洛阳；让御史中丞李彪兼任度支尚书，与仆射李冲共同主持留守朝廷的事务。授予彭城王元勰代理中军大将军之职，元勰推辞说：“亲疏之人一并任用，是古代的治国之道。臣是什么人，能屡次受到这样的恩宠任命！从前陈思王曹植请求任用却未获准许，愚臣没有请求却得到任命，命运的穷通相差多么遥远啊！”孝文帝大笑，握住元勰的手说：“曹魏的二曹（曹丕、曹植）因才能名声相互猜忌，我与你因道德品行彼此亲近。”
齐明帝派遣军主、直阁将军胡松协助北襄城太守成公期驻守赭阳，派遣军主鲍举协助西汝南、北义阳二郡太守黄瑶起驻守舞阴。
北魏任命氐族首领杨灵珍为南梁州刺史。杨灵珍率领全州投降南齐，将母亲和儿子送到南郑作为人质，派遣弟弟婆罗阿卜珍率领步兵、骑兵一万余人袭击北魏武兴王杨集始，杀死杨集始的两个弟弟杨集同、杨集众；杨集始处境困窘危急，请求投降北魏。九月，丁酉日，孝文帝任命河南尹李崇为都督陇右诸军事，率领数万兵力讨伐杨灵珍。
起初，北魏迁都洛阳时，荆州刺史薛真度劝说孝文帝先攻取樊城、邓州。薛真度领兵入侵南阳，被太守房伯玉击败。孝文帝大怒，认为南阳只是个小郡，却立志一定要消灭它，于是领兵向襄阳进发；彭城王元勰等三十六路大军前后相继，兵力号称百万，行军时的呼号声震动大地。辛丑日，孝文帝留下众将攻打赭阳，亲自领兵南下；癸卯日，抵达宛城，连夜袭击外城，将其攻克。房伯玉据守内城抵抗。孝文帝派遣中书舍人孙延景对房伯玉说：“我如今要统一天下，不像以往那样冬来春去。不攻克此地，终究不会北返。你这座城池正挡在我的进军之路前，不可能不先攻取；长远来看不过一年，短期只需一个月。封侯受赏或是身首异处，全在你一念之间，应当好好谋划！况且你有三条罪状，现在让你知晓：你当初侍奉武帝（萧赜），受到非同寻常的宠信，却不能尽忠效死，反而向他的仇敌（齐明帝）屈膝，这是第一条罪状；近年薛真度前来，你打伤我的偏师，这是第二条罪状；如今我御驾亲征，你却不束手就擒，这是第三条罪状。”房伯玉派遣军副乐稚柔回应说：“承蒙你要率军围攻，扬言必定攻克。我本是卑微常人，能抵抗大国的威严，真可以说是死得其所！外臣承蒙武帝提拔，怎敢忘记恩德！但继位的君主（郁林王）丧失德行，当今皇上（齐明帝）光大继承大宗，不仅顺应了亿万百姓的深切期望，也秉承了武皇的遗愿；因此我竭尽微薄之力坚守节操，不敢有所违背。以往北魏军队深入我国境内，侵扰边境百姓，我便激励将士们坚守职责。反躬自省，不应受到指责。”
宛城东南角的护城河上有一座桥，孝文帝领兵从桥上通过。房伯玉派遣数名勇士，身穿五彩斑纹的衣服，头戴虎头帽，埋伏在桥洞下，突然冲出袭击，孝文帝的人马都受惊骚动；孝文帝召来擅长射箭的原灵度射击，勇士应声倒地而死，孝文帝才得以脱险。
李崇劈山开路，兵分几路，出其不意地对氐族军队发起进攻，内外夹击；氐族各部纷纷抛弃杨灵珍四散逃回。杨灵珍的兵力损失过半，李崇进军占据赤土。杨灵珍派遣堂弟杨建率领五千人驻守龙门，自己率领一万精锐勇士驻守鹫硖；在龙门以北数十里的范围内，砍伐树木堵塞道路；在鹫硖的山口，堆积粗大的木头和滚石，凭靠悬崖向下投放，以抵御