威入朝，留下辅公祏守卫丹杨，命令王雄诞掌管军队辅佐他，暗中对王雄诞说：“我到长安后，如果没有失去职位，就不要让辅公祏发动变乱。”杜伏威出发后，左游仙劝说辅公祏谋反；但王雄诞掌握兵权，辅公祏无法动手。于是辅公祏谎称收到杜伏威的书信，怀疑王雄诞有二心，王雄诞听说后很不高兴，称病不再处理事务；辅公祏趁机夺取他的兵权，派自己的党羽西门君仪向他说明反叛的计划。王雄诞这才醒悟并后悔，说：“如今天下刚刚平定，吴王又在京城，大唐军队威力无穷，所向无敌，为什么要无故自取灭族之祸呢！我王雄诞只有一死而已，不敢听从你的命令。如今跟随你反叛，不过是延长一百天的性命罢了，大丈夫怎能因为贪图片刻的存活，而使自己陷入不义之地呢！”辅公祏知道无法说服他，就将他缢杀。王雄诞善于安抚士兵，士兵们都愿意为他效死力，而且他治军严明，每次攻破城池，都秋毫无犯。他去世那天，江南军中将士和民间百姓都为他流泪。辅公祏又谎称杜伏威无法返回江南，送来书信命令他起兵，于是大规模修造铠甲兵器，运输粮食储备。不久后在丹杨称帝，国号为宋，修复陈朝的旧宫殿居住。设置文武百官，任命左游仙为兵部尚书、东南道大使、越州总管，与张善安联合兵力，任命张善安为西南道大行台。己未日，突厥侵犯原州。
乙丑日，朝廷下诏令襄州道行台仆射赵郡王李孝恭率领水军赶赴江州，岭南道大使李靖率领交州、广州、泉州、桂州的兵力赶赴宣州，怀州总管黄君汉从谯州、亳州出兵，齐州总管李世积从淮水、泗水出兵，共同讨伐辅公祏。李孝恭即将出发时，与各位将领设宴聚会，下令取水，水忽然变成血红色，在座的人都大惊失色，李孝恭却神色自若，说：“这是辅公祏被斩首的征兆！”一饮而尽，众人都心悦诚服。
丙寅日，吐谷浑归附唐朝。辛未日，突厥攻陷原州的善和镇；癸酉日，又侵犯渭州。高开道率领奚族军队侵犯幽州，州兵击退了他们。
九月丙子日，太子李建成班师回朝。戊子日，辅公祏派遣将领徐绍宗侵犯海州，陈政通侵犯寿阳。邛州獠人反叛，朝廷派遣沛公郑元璹讨伐他们。
庚寅日，突厥侵犯幽州。壬辰日，朝廷下诏任命秦王李世民为江州道行军元帅。
乙未日，窦伏明献出沙州投降唐朝。这时，高昌王麹伯雅去世，他的儿子麹文泰继位。丙申日，渝州人张大智反叛，刺史薛敬仁弃城逃走。壬寅日，高开道率领两万突厥骑兵侵犯幽州。
突厥厌恶弘农公刘世让成为自己的祸患，派遣大臣曹般陁前来，谎称刘世让与颉利可汗勾结，企图作乱，唐高祖相信了这话。冬季，十月丙午日，高祖杀死刘世让，抄没他的家产。
此时，秦王李世民还在并州，己未日，朝廷下诏令李世民率军返回长安。张大智侵犯涪州，刺史田世康等人讨伐他，张大智率领部众投降。
当初，高祖派遣右武候大将军李高迁协助朔州总管高满政守卫马邑，苑君璋率领一万多突厥骑兵抵达城下，被高满政击败。颉利可汗大怒，发动大军攻打马邑。李高迁心生畏惧，率领部下两千人冲破关卡连夜逃跑，突厥军队半路截击，李高迁的军队损失过半。颉利可汗亲自率领大军攻城，高满政出兵抵御，有时一天交战十多个回合。高祖命令行军总管刘世让救援马邑，刘世让到达松子岭后，不敢前进，退守崞城。恰逢颉利可汗派遣使者请求和亲，高祖说：“先解除对马邑的包围，才能商议和亲之事。”颉利可汗想撤兵，义成公主坚决请求继续攻城。颉利可汗知道高开道擅长制造攻城器械，于是召见高开道，与他一起猛攻马邑。颉利可汗引诱高满政投降，遭到高满政的痛骂。马邑城中粮草即将耗尽，救兵迟迟未到，高满政想冲破包围圈逃往朔州，右虞候杜士远认为突厥军队势大，担心难以脱身，壬戌日，杀死高满政后向突厥投降，苑君璋又杀死城中与高满政同谋的三十多名豪杰。高祖任命高满政的儿子高玄积为上柱国，承袭父亲的爵位。丁卯日，突厥再次请求和亲，将马邑归还唐朝；高祖任命将军秦武通为朔州总管。
突厥多次侵扰边境，并州大总管府长史窦静上表请求在太原设置屯田，以节省军粮运输；议事的大臣认为屯田会烦扰百姓，不同意这一建议。窦静反复恳切争辩，高祖下诏征召窦静入朝，让他与裴寂、萧瑀、封德彝在高祖面前辩论，裴寂等人无法说服窦静，高祖于是采纳了窦静的建议，每年收获数千斛粮食，高祖对此十分赞赏，任命窦静检校并州大总管。窦静是窦抗的儿子。十一月辛巳日，秦王李世民再次请求在并州境内增设屯田，高祖批准了。
黄州总管周法明领兵攻打辅公祏，张善安占据夏口抵御。周法明驻扎在荆口镇，壬午日，周法明登上战船饮酒，张善安派遣数名刺客伪装成渔民驾船前来，守卫没有察觉异样，刺客趁机杀死周法明后逃走。
甲申日，舒州总管张镇周等人在猷州的黄沙攻打辅公祏的将领陈当世，大破敌军。
丁亥日，唐高祖在华阴狩猎。己丑日，在忠武顿迎接慰劳秦王李世民。
十二月癸卯日，安抚使李大亮诱捕张善安。李大亮在洪州攻打张善安，与他隔水列阵，远远相互对话。李大亮向张善安讲明祸福，张善安说：“我当初并没有反叛之心，只是被将士们误导；想要投降又担心无法幸免。”李大亮说：“张总管有投降的心意，就和我是一家人了。”于是单人独骑渡过河水进入张善安的阵中，与他握手交谈，以示毫无猜忌。张善安十分高兴，于是答应投降。不久后张善安率领数十名骑兵前往李大亮的军营，李大亮让他的骑兵停在营门外，独自带张善安入城交谈，过了很久，张善安告辞离去，李大亮命令武士将他擒获，随行的骑兵全部逃走。张善安营中的士兵得知后，大怒，率领全部人马赶来，想要攻打李大亮。李大亮派人告知他们说：“我没有扣留张总管。张总管真心归附朝廷，他对我说：‘如果返回营中，恐怕将士们会有