刑，你依法处置即可，我绝不逃避。但若让我仓促自尽以让仇人痛快，我绝不甘心！”于是如实上报案情。袁异式临行前，还亲自解锁释放了他。案情上报后，李义府对皇帝说：“不斩刘仁轨，无法向百姓谢罪。”舍人源直心说：“海风骤起，非人力所能控制。”皇帝于是下令将刘仁轨削籍，以平民身份从军效力。李义府又暗示刘仁愿加害刘仁轨，刘仁愿不忍下手。等到刘仁轨担任大司宪，袁异式十分恐惧，心神不宁，刘仁轨举杯对他说：“我若记恨过去的事，就让我像这酒杯一样破碎！”刘仁轨执掌政事后，袁异式不久升任詹事丞；当时议论纷纷，刘仁轨听闻后，立即举荐他为司元大夫。监察御史杜易简对人说：“这就是所谓的矫枉过正啊！”
八月辛丑日，司元太常伯兼检校左相窦德玄去世。
起初，武士彟娶相里氏，生下儿子武元庆、武元爽；又娶杨氏，生下三个女儿，长女嫁给越王府法曹贺兰越石，次女即武后，三女嫁给郭孝慎。武士彟去世后，武元庆、武元爽及武士彟兄长的儿子武惟良、武怀运都对杨氏无礼，杨氏心怀怨恨。贺兰越石、郭孝慎及郭孝慎的妻子都早逝，贺兰越石的妻子生下贺兰敏之及一女后守寡。武后册立后，杨氏被封为荣国夫人，贺兰越石的妻子被封为韩国夫人。武惟良从始州长史越级升任司卫少卿，武怀运从瀛州长史升任淄州刺史，武元庆从右卫郎将升任宗正少卿，武元爽从安州户曹多次升迁至少府少监。荣国夫人曾设宴，对武惟良等人说：“还记得从前的事吗？如今的荣华富贵如何？”武惟良等人回答：“我们有幸作为功臣子弟，早年入仕，估量自己的才能，不求富贵显达，没想到因皇后的缘故，承蒙朝廷恩宠，日夜担忧恐惧，并不觉得荣耀。”荣国夫人十分不悦。武后于是上疏，请求将武惟良等人外放为远州刺史，表面上显示自己廉洁谦逊，实则厌恶他们。于是任命武惟良为检校始州刺史，武元庆为龙州刺史，武元爽为濠州刺史。武元庆到任后，因忧虑而死；武元爽因事获罪流放振州，也死于当地。
韩国夫人及其女儿因武后的缘故得以出入宫中，都受到皇帝的宠幸。韩国夫人不久去世，她的女儿被赐号魏国夫人。皇帝想让魏国夫人担任宫中职务，又担心武后不满，一直犹豫不决，武后因此十分厌恶她。恰逢武惟良、武怀运与各州刺史前往泰山朝觐，随后抵达京师，武惟良等人献上食物。武后暗中在肉酱中下毒，让魏国夫人食用，魏国夫人当场暴毙。武后于是将罪责归咎于武惟良、武怀运，丁未日，将二人处死，改其姓氏为蝮氏。武怀运的兄长武怀亮早逝，他的妻子善氏尤其对荣国夫人无礼，因此受武惟良等人牵连被没入掖庭。荣国夫人让武后找借口用荆棘鞭子抽打她，直至肉尽见骨而死。
九月，庞同善大败高丽军，泉男生率领部众与庞同善会合。皇帝下诏任命泉男生为特进、辽东大都督，兼平壤道安抚大使，封玄菟郡公。
戊子日，致仕金紫光禄大夫广平宣公刘祥道去世，儿子刘齐贤继承爵位。刘齐贤为人方正，皇帝十分器重他，任命他为晋州司马。将军史兴宗曾跟随皇帝在苑中打猎，趁机说晋州出产优良的鹞鹰，刘齐贤如今担任司马，请让他捕捉。皇帝说：“刘齐贤岂是捕捉鹞鹰的人！你怎能如此看待他！”
冬季十二月己酉日，任命李积为辽东道行军大总管兼安抚大使，司列少常伯安陆人郝处俊为副大总管，率军进攻高丽。庞同善、契苾何力仍担任辽东道行军副大总管兼安抚大使；水陆各路军总管及运粮使窦义积、独孤卿云、郭待封等人，都受李积调度。河北各州的租赋全部运往辽东供应军用。郭待封是郭孝恪的儿子。
李积想让女婿京兆人杜怀恭一同出征，以便他立功受赏。杜怀恭以贫穷为由推辞，李积资助他；杜怀恭又以没有奴仆马匹为由推辞，李积再次资助。杜怀恭无计可施，于是逃到岐阳山中躲藏，对人说：“李公想拿我树立军法罢了。”李积听闻后，流泪说：“杜郎豪放不羁，或许真有此意。”于是不再强求。
乾封二年，公元667年春季正月，皇帝举行籍田礼，有关部门进献的耒耜装饰精美。皇帝说：“耒耜是农夫耕种的工具，怎能如此华丽！”下令更换质朴的耒耜。随后亲自耕种，推了九下便停止。
自发行乾封泉宝钱后，粮食布帛价格暴涨，商人无法经营，癸未日，下诏废除该钱。
二月丁酉日，涪陵悼王李愔去世。辛丑日，将万年宫恢复为九成宫。生羌十二州被吐蕃攻破，三月戊寅日，全部废除。
皇帝多次责备侍臣不举荐贤才，众人都不敢回应。司列少常伯李安期回答：“天下并非没有贤才，也不是群臣敢于遮蔽贤才。近来公卿有所举荐，就被谗言者指责为结党营私，被举荐的贤才尚未得到任用，举荐者就先获罪，因此群臣都闭口不言。陛下若能以诚心相待，谁不愿举荐所知贤才！这关键在陛下，而非群臣。”皇帝深表赞同。李安期是李百药的儿子。
夏季四月乙卯日，西台侍郎杨弘武、戴至德、正谏大夫兼东台侍郎李安期、东台舍人昌乐人张文瓘、司列少常伯兼正谏大夫河北人赵仁本一同担任同东西台三品。杨弘武是杨素弟弟的儿子，戴至德是戴胄哥哥的儿子。当时朝廷修建蓬莱、上阳、合璧等宫殿，频繁征伐四夷，御厩养马万匹，仓库逐渐空虚。张文瓘劝谏说：“隋朝的教训并不遥远，希望陛下不要让百姓心生怨恨。”皇帝采纳了他的建议，削减御厩马匹数千匹。
秋季八月己丑朔日，发生日食。辛亥日东台侍郎同东西台三品李安期外放为荆州长史。
九月庚申日，皇帝因长期患病，命太子李弘监国。
辛未日，李积攻克高丽新城，派契苾何力驻守。李积初次渡过辽河时，对诸将说：“新城是高丽西边的要害之地，不先攻克，其余城池难以夺取。”于是发起进攻，城中人师夫仇等人捆绑城主