大中十二年，公元858年春季，正月，朝廷任命康王傅、分司东都的王式为安南都护、经略使。王式有才干谋略，抵达交趾后，用芀木建造营寨栅栏，坚固得可以支撑数十年；在栅栏外挖掘深沟，排泄城中积水，沟外栽种竹子，敌军难以进犯；他还挑选士兵加以训练，部队作战十分勇猛。不久，南蛮大举来犯，屯兵于锦田步，距离交趾只有半天的路程。王式神色安闲，派遣翻译前去劝谕，言语切中敌军要害，南蛮军队连夜撤退，还派人前来道歉说：“我们只是来捉拿叛乱的獠人，并非要侵犯唐朝边境。”安南都校罗行恭长期独揽府中政务，麾下有两千精兵，而都护府的中军只有几百名老弱士兵。王式到任后，下令杖打罗行恭的脊背，将他贬黜到边境戍守。
当初，户部侍郎、判度支刘瑑担任翰林学士时，就深受宣宗器重。此时他正担任河东节度使，宣宗亲手写下诏书征召他入朝。刘瑑接到诏书后，立即上奏请求从河东出发，朝廷外的人这才知道这件事。正月二十五日，朝廷任命刘瑑为同平章事。刘瑑是刘仁轨的五世孙。刘瑑与崔慎由在宣宗面前商议政事，崔慎由说：“治理国家，应当甄别官员的门第品级，以此略微报答陛下的知遇之恩。”刘瑑反驳道：“从前王衍崇尚浮华虚无，随意划分士族品级，最终导致中原地区沦为废墟。如今正值政治清明的盛世，应当依据官员的实际才能授予相应职务，使其各司其职；如果把甄别门第品级放在首位，臣无法预见天下大治的那一天。”崔慎由无言以对。轩辕集抵达长安后，宣宗召他入宫，问道：“长生不老之术可以学到吗？”轩辕集回答说：“君王只要摒弃欲望，崇尚德行，自然会蒙受上天赐予的长久福分，哪里还需要再去寻求长生不老呢？”轩辕集在宫中逗留了几个月，坚决请求返回罗浮山，宣宗最终同意放他回去。
二月初一，朝廷下令取消公卿大臣朝拜光陵的礼仪，以及在唐穆宗忌日到寺庙烧香的活动，将所有守陵宫人全部迁往其他皇陵。
二月初五，朝廷任命中书侍郎、同平章事崔慎由为东川节度使。
宣宗想要登上城楼颁布大赦令，令狐綯进言说：“登楼大赦耗费巨大，必须要有正当理由，而且大赦诏令不能频繁颁布。”宣宗听后很不高兴，说：“你让朕找什么理由才合适！”崔慎由说：“陛下至今尚未册立太子，天下百姓都在期盼。如果举行册立太子的大典，就算是举行郊祀大典都可以，更何况是登楼大赦呢！”当时宣宗正在服用方士炼制的丹药，已经出现烦躁口渴的症状，但朝廷外的人并不知道这件事，宣宗的疑心和猜忌正日渐深重，听到崔慎由的话后，低下头不再言语。十天后，崔慎由就被罢免了宰相职务。
勃海王李彝震去世。二月二十日，朝廷立他的弟弟李虔晃为勃海王。
夏季，四月，朝廷任命右街使、驸马都尉刘异为邠宁节度使。刘异娶了安平公主为妻，安平公主是宣宗的妹妹。
四月初八，岭南都将王令寰发动叛乱，囚禁了节度使杨发。
四月十六日，朝廷任命兵部侍郎、盐铁转运使夏侯孜为同平章事。
五月初四，工部尚书、同平章事刘瑑去世。刘瑑病重期间，还亲手撰写奏疏议论朝政，宣宗对他的离世深感惋惜。
朝廷任命右金吾大将军李燧为岭南节度使，已经派宦官使者向他赐授节度使符节，给事中萧放却将任命诏书封还。当时宣宗正在欣赏奏乐，来不及另外召见宦官使者，就派伶人去追回符节，使者的符节刚送到李燧家门口就被追回了。萧放是萧俛的堂弟。五月十九日，朝廷任命泾原节度使李承勋为岭南节度使，调发相邻各道的军队讨伐叛军，最终将叛乱平定。
同一天，湖南发生军乱，都将石载顺等人驱逐了观察使韩悰，杀死都押牙王桂直。韩悰因为对待将士们不讲礼节，所以招致杀身之祸。
六月初五，江西发生军乱，都将毛鹤驱逐了观察使郑宪。
起初，安南都护李涿治理地方贪婪残暴，强行购买蛮族的牛马，一头牛或一匹马只给一斗盐作为报酬，还杀害了蛮族酋长杜存诚。蛮族各部心怀怨恨，于是引导南诏军队侵犯唐朝边境。峰州有个林西原，原本驻扎着六千名防御冬季敌军进犯的士兵，林西原附近有个七绾洞蛮，酋长名叫李由独，一直协助唐朝戍守边境，按时缴纳租税。掌管峰州事务的官员向李涿进言，请求撤销戍守士兵，将防御事务全权委托给李由独。从此李由独势单力薄，难以维持自身统治，南诏拓东节度使写信引诱他，把自己的外甥女嫁给李由独的儿子为妻，任命李由独为拓东押牙，李由独于是率领部众向南诏臣服。从这以后，安南地区开始频繁遭到蛮族侵扰。当月，蛮族军队进犯安南。
秋季，七月初五，宣州都将康全泰发动叛乱，驱逐了观察使郑薰。郑薰逃往扬州。
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七月初六，右补阙内供奉张潜上疏说：“藩镇节度使在调任交接的时候，都会上奏仓库中积蓄的财物数量，把盈余的财物多当作自己的政绩，朝廷也因此对他们加以表彰奖赏。臣私下认为，藩镇的财赋收入有固定的来源，如果不是加重赋税、克扣将士的衣粮俸禄，盈余的财物从哪里来呢！近来南方各镇多次发生动乱，都是这个原因。一旦发生兵变，积蓄的财物就会被洗劫一空；朝廷还要调兵遣将前去讨伐，耗费的军费是平时的百倍，这样一来朝廷最终能得到什么好处呢！恳请陛下从今以后，要求藩镇长官不得增加赋税，不得削减士兵的粮饷赏赐，只需要节省游玩宴饮的开支，裁减不必要的费用，能做到这些还能有财物盈余的人，再对他们进行奖赏。”宣宗对他的建议表示赞许并予以采纳。容管经略使上奏，称都虞候来正图谋叛乱，经略使宋涯将他逮捕处死。起初，忠武军的精锐士兵都头戴黄色头盔，号称黄头军。李承勋率领一百名黄头军平定了岭南叛乱，宋涯于是让麾下士兵效仿黄头军的装束，也