兵凿穿贼军的船底，船只相继沉没，贼军往来慌乱，无法相互救援，高仁厚派遣士兵在要道拦截，并展开招降，贼军部众纷纷投降。韩秀升、屈行从见部众溃散，挥剑乱砍，想要阻止众人投降。众人愈发愤怒，一同将二人擒获，押送到高仁厚面前，高仁厚责问他们：“你们为什么要谋反？”韩秀升说：“自从大中皇帝驾崩，天下就再也没有公道可言，朝廷的法度纲纪全部崩坏。如今谋反的人，难道只有我韩秀升吗？是非成败都已注定，我们已是砧板上的鱼肉，任凭你们烹煮剁成肉酱罢了！”高仁厚面露凄然之色，下令给二人提供好的饮食，然后戴上刑具关押起来。夏季四月庚子日，高仁厚将二人押送到僖宗的行在，二人被斩首。
李克用与忠武将领庞从、河中将领白志迁等人率领军队率先进发，与黄巢的军队在渭南交战，一天之内三次交锋，都大获全胜。义成、义武等各路军队相继跟进，贼军全线溃败奔逃。甲辰日，李克用等人从光泰门攻入京城，黄巢奋力拼杀仍不能取胜，于是焚烧宫室后逃走。贼军战死和投降的人极多，官军却趁机大肆抢掠，与贼军的所作所为没有区别，长安的房舍和百姓所剩无几。黄巢从蓝田进入商山，在路上丢弃大量珍宝。官军争相抢夺珍宝，没有急于追击，贼军因此得以逃脱。
杨复光派遣使者向朝廷报捷，朝中百官入朝庆贺。僖宗下诏留下忠武等军两万人，委派大明宫留守王徽和京畿制置使田从异部署调度，负责守卫长安。五月，朝廷加封朱玫、李克用、东方逵为同平章事。将陕州升格为节度使镇，任命王重盈为节度使。又将延州建为保塞军，任命保大行军司马、延州刺史李孝恭为节度使。李克用时年二十八岁，在诸位将领中最为年轻，却击败黄巢、收复长安，功劳位居第一，兵力也最为强盛，各路将领都畏惧他。李克用一只眼睛略微偏小，当时的人称他为“独眼龙”。
僖宗下诏，因崔璆出身显贵、地位显赫，却担任黄巢的宰相长达三年，既不逃走也不隐藏，命人在他所在的地方将其斩首。
黄巢派遣麾下猛将孟楷率领一万人作为前锋，攻打蔡州，节度使秦宗权迎战失利。贼军进而围攻蔡州城，秦宗权于是向黄巢称臣，与他合兵一处。当初，黄巢占据长安时，陈州刺史宛丘人赵犨对身边的将佐说：“黄巢如果不在长安败亡，必定会向东逃窜，陈州正是他的必经之路。况且黄巢向来与忠武军结仇，我们不能不做好防备。”于是修缮城墙壕沟，整治铠甲兵器，囤积粮草；将六十里范围内，有资产粮食的百姓，全部迁入城中。又招募了许多勇猛的士兵，派他的弟弟赵昶、赵珝以及儿子赵麓、赵林分别统领。孟楷攻克蔡州后，移兵攻打陈州，驻军项城。赵犨先故意示弱，趁孟楷没有防备，率军发动袭击，几乎将贼军全歼，生擒孟楷，将其斩首。黄巢听说孟楷被杀，又惊又怒，率领全部部众屯驻溵水。六月，黄巢与秦宗权合兵围攻陈州，挖掘了五道壕沟，采用各种办法攻城。陈州城中的百姓极为恐慌，赵犨晓谕众人说：“忠武军向来以忠义勇敢着称，陈州的士兵号称精锐，何况我家世代享受陈州的俸禄，誓与陈州共存亡。男子汉应当在绝境中寻求生机，况且为国家献身而死，难道不比向贼寇称臣苟活更好吗！有敢提出异议的人，一律斩首！”赵犨多次率领精锐士兵打开城门，主动出击，击败贼军。黄巢更加愤怒，在陈州城北安营扎寨，修建宫室、设置百官，做长期围困的打算。当时民间没有粮食储备，贼军就抓捕百姓充当军粮，把活人扔进碓硙中舂捣，连骨头一起吃掉，还把储存粮食的地方称为“舂磨寨”。贼军放纵士兵四处抢掠，从河南府、许州、汝州、唐州、邓州、孟州、郑州、汴州、曹州、濮州、徐州、兖州等几十个州，都遭受了贼军的蹂躏。
当初，上蔡人刘谦担任岭南的小校，节度使韦宙赏识他的才能，把侄女嫁给他为妻。刘谦攻打各路盗贼，屡次立下战功，辛丑日，朝廷任命刘谦为封州刺史。
朝廷加封东川节度使杨师立为同平章事。
宣武节度使朱全忠率领麾下几百名士兵赶赴镇所，秋季七月丁卯日，抵达汴州。当时汴州、宋州接连遭遇饥荒，官府和百姓都穷困至极，城内骄横的士兵难以控制，城外又遭到强大贼寇的攻击，几乎每天都要交战，众人都心生畏惧，而朱全忠的斗志却愈发昂扬。朝廷下诏，因黄巢尚未平定，加封朱全忠为东北面都招讨使。
南诏派遣布燮杨奇肱前来迎娶公主。僖宗下诏让陈敬瑄给南诏回信，推辞说：“皇帝车驾外出巡幸，公主出嫁的礼仪和器物尚未准备齐全，等返回京城后，再送公主出嫁。”杨奇肱不肯听从，径直前往成都。
李克用从长安率军返回雁门，不久，朝廷颁下诏书，任命李克用为河东节度使，征召郑从谠前往僖宗的行在。李克用于是取道东道经过榆次，前往雁门探望父亲。不久，李克用在河东张贴告示，安抚军民说：“不要计较以往的恩怨，各自安心经营家业。”
左骁卫上将军杨复光在河中去世。杨复光为人慷慨，崇尚忠义，善于安抚士兵，军中为他痛哭了好几天，八都将鹿晏弘等人各自率领部众散去。田令孜向来畏惧忌惮杨复光，听说他去世，十分高兴，趁机排挤他的兄长枢密使杨复恭，将其调任为飞龙使。田令孜独揽大权，没有人敢与他抗衡，只有杨复恭屡次与他争论政事得失，因此田令孜憎恶他，杨复恭于是称病返回蓝田。
朝廷任命成德留后王镕、魏博留后乐行达、天平留后朱瑄为各自藩镇的节度使。
司徒、门下侍郎、同平章事郑畋，虽然身处颠沛流离之中，仍严格遵守朝廷的法度。田令孜为判官吴圆谋求郎官的职位，郑畋没有答应；陈敬瑄想要地位在宰相之上，郑畋依据旧例，认为节度使的品级俸禄虽然很高，但地位都在宰相之下，坚决反对；田令孜和陈敬瑄于是指使凤翔节度使李昌言上奏说：“军中人心猜忌，不能让郑畋跟随皇帝车驾经过这里。”郑畋也多次上表请求辞去相位，朝廷于是