，每天都有各种谣言传出。田令孜派遣朱玫、李昌符率领他们各自的军队，以及神策军所属的鄜州、延州、灵州、夏州等军，各三万人，驻扎在沙苑，准备讨伐王重荣。王重荣发兵抵抗，并向李克用紧急求救，李克用率领军队赶赴救援。十一月，王重荣派遣军队攻打同州，同州刺史郭璋出城迎战，结果战败身亡。王重荣与朱玫等人对峙了一个多月，李克用的军队赶到，与王重荣的军队一起在沙苑修筑营垒，联名上表朝廷，请求诛杀田令孜以及朱玫、李昌符。朝廷下诏让他们和解，李克用拒不从命。十二月癸酉日，双方展开大战，朱玫、李昌符的军队大败，各自率领残兵逃回自己的镇所，溃散的士兵在所到之处烧杀掳掠。李克用率军进逼京城，乙亥日夜间，田令孜侍奉僖宗，从开远门逃出京城，前往凤翔。
起初，黄巢率军焚烧长安的宫殿后离去。随后，各路官军进入城中，肆意劫掠，烧毁了官府、寺庙和百姓的住宅，有十分之六七的建筑化为灰烬。王徽花费了好几年的时间，才勉强修复了其中的十分之一二，到这时长安再次遭到乱兵的焚烧抢掠，变得荡然无存。
这一年，朝廷赐河中军护国的军号。
唐僖宗光启二年，公元886年
春季，正月，镇海牙将张郁发动叛乱，攻陷常州。
李克用率领军队返回河中，与王重荣一同上表朝廷，请求僖宗返回京城长安，并列举了田令孜的罪状，请求诛杀他。僖宗再次任命飞龙使杨复恭为枢密使。
戊子日，田令孜请求僖宗前往兴元，僖宗不同意。当天夜里，田令孜率领军队闯入宫中，劫持僖宗前往宝鸡，跟随的宦官和卫士只有几百人，宰相和朝中大臣都一无所知。翰林学士承旨杜让能当时正在宫中值守，得知此事后，徒步追赶皇帝的车驾，出城走了十多里路，才得到一匹别人遗弃的马，没有马笼头和缰绳，杜让能只好解下腰带系在马脖子上，骑着马追赶，独自在宝鸡追上了僖宗。第二天，才有太子少保孔纬等几个人相继赶到。杜让能是杜审权的儿子；孔纬是孔戣的孙子。宗正卿带着太庙的神主牌位追赶车驾，行至鄠县时遭遇盗贼，神主牌位全部丢失。朝中大臣追赶僖宗的车驾，行至盩厔县时，遭到乱兵的劫掠，衣物行装几乎被抢光。庚寅日，僖宗任命孔纬为御史大夫，派他返回京城召集文武百官，僖宗则留在宝鸡等待他们。当时田令孜独揽大权，再次导致皇帝流离迁徙，天下人都对他愤恨不已。朱玫、李昌符也以被田令孜利用为耻，并且忌惮李克用、王重荣的强大势力，于是转而与李克用、王重荣联合起来。
萧遘趁着邠宁奏事判官李松年抵达凤翔的机会，派遣他去召见朱玫，让朱玫迅速前来迎接僖宗的车驾。癸巳日，朱玫率领步兵、骑兵五千人赶到凤翔。孔纬前往宰相的住处，想要宣读诏书召集他们，萧遘、裴澈因为田令孜还在僖宗身边，所以不愿意前往，便以生病为借口推辞不见。孔纬命令御史台的官吏催促文武百官赶赴皇帝的驻地，百官都以没有朝袍和手板为由推辞。孔纬召集御史台的三院御史，流着泪对他们说：“普通百姓的亲戚故旧遇到危难，尚且应当前去相助。哪里有天子蒙难流亡，身为臣子，屡次被征召却不肯前往的道理！”御史们请求给几天时间准备行装再出发，孔纬拂袖而起，愤怒的说道：“我的妻子病得快要死了，我尚且无暇顾及，各位好自为之吧，我从此与你们告别！”于是孔纬前往李昌符的军营，请求李昌符派骑兵护送他前往僖宗的驻地，李昌符赞赏他的忠义，赠送他路资和行装，并派遣骑兵护送他。
邠宁、凤翔的军队追击逼近僖宗的车驾，在潘氏击败了神策军指挥使杨晟，战鼓的声音在僖宗的行宫都能听到。田令孜侍奉僖宗从宝鸡出发，留下禁军驻守石鼻寨作为后卫。朝廷在兴州、凤州设置感义军，任命杨晟为节度使，命他驻守散关。
当时军队和百姓混杂在一起，战场上箭石横飞，僖宗任命神策军使王建、晋晖为清道斩斫使，王建率领五百名手持长剑的士兵在前面开路，奋力冲杀，僖宗的车驾才得以继续前进。僖宗把传国玉玺交给王建，让他背着玉玺跟随，一行人登上大散岭。李昌符放火烧毁了一丈多长的栈道，栈道即将断裂，王建搀扶着僖宗，从烟火中一跃而过。夜里，众人在木板下歇息，僖宗枕着王建的膝盖入睡，醒来后才开始进食，僖宗解下自己的御袍赏赐给王建，说：“因为这件袍子上有你护驾时留下的泪痕啊。”僖宗的车驾刚刚进入散关，朱玫就已经率军包围了宝鸡。驻守石鼻寨的禁军溃败，朱玫率军长驱直入，攻打散关，但没有攻克。嗣襄王李煴是唐肃宗的玄孙，当时身患疾病，没能跟上僖宗的队伍，留在遵涂驿，被朱玫俘获，朱玫带着他一起返回凤翔。
庚戌日，李克用率领军队返回太原。
二月，王重荣、朱玫、李昌符再次联名上表朝廷，请求诛杀田令孜。
朝廷任命前东都留守郑从谠为守太傅兼侍中。
朱玫、李昌符指使山南西道节度使石君涉在险要的地方设置栅栏，阻断交通，还烧毁了沿途的驿站，僖宗只好改走其他道路前行。山路崎岖不平，邠宁的军队在后面紧追不舍，僖宗一行人好几次陷入危急的境地，才勉强抵达山南地区。三月壬午日，石君涉放弃镇所，逃往凤翔，归附朱玫。
癸未日，留在凤翔的文武百官萧遘等人，列举田令孜及其党羽韦昭度的罪状，请求朝廷诛杀他们。起初，韦昭度依靠供奉僧澈攀附宦官，才得以当上宰相。僧澈的师父知玄鄙视僧澈的所作所为，韦昭度每次和同僚前往拜见知玄时，都向他行跪拜之礼，而知玄只是拱手作揖，让他们到僧澈那里去喝茶。
山南西道监军、冯翊人严遵美在西县迎接僖宗。丙申日，僖宗的车驾抵达兴元。
戊戌日，朝廷任命御史大夫孔纬、翰林学士承旨、兵部尚书杜让能同为兵部侍郎、同平章事。