接下来的千年，灵玥三人便在归墟之地潜心修炼。灵玥将生灭同源奥义与宇宙本源之力相结合，创造出了一套全新的大帝级功法——《鸿蒙生灭大帝诀》。这套功法不仅能快速吸收本源之力，还能将生灭之力转化为守护之力，守护自身与宇宙的安宁。在本源之力的滋养下，她的修为稳步提升，成功突破至大帝境中期，成为三人中最先突破的一人。
石坚则专注于肉身与本源之力的融合。他将鸿蒙正气融入肉身，创造出了《鸿蒙金刚大帝体》。这套功法让他的肉身强度达到了一个全新的高度，即便是大帝境后期的强者，也难以攻破他的防御。千年时间，他的修为也成功突破至大帝境中期，肉身之力更是达到了匪夷所思的地步。
林风则深入研究空间法则与宇宙本源的联系。他创造出了《鸿蒙虚空大帝诀》，这套功法能让他自由操控归墟之地的空间，甚至能开辟出独立的宇宙空间。他的修为同样突破至大帝境中期，空间之力的运用愈发炉火纯青，能在瞬间跨越亿万光年的距离。
千年期满，鸿蒙始帝的虚影再次出现。他看着三人，眼中带着满意的笑容：“你们三人的进步，远超吾的预期。如今，你们已然具备了守护宇宙的实力。但你们要记住，宇宙之外，还有无数个混沌宇宙，混沌魔主只是其中之一，未来，还会有更强大的敌人出现。”
灵玥三人心中一凛，纷纷点头：“晚辈明白。”
“吾将毕生感悟的宇宙法则，以及历代大帝的传承印记，都融入了归墟之地的核心。”鸿蒙始帝抬手一挥，一道巨大的光门在三人面前显现，“光门之后，是归墟秘境，里面藏着历代大帝的传承与宝物。你们进入其中，汲取传承之力，便能进一步提升实力，为未来的挑战做好准备。”
三人对视一眼，眼中都闪过一丝期待。他们深知，归墟秘境中的传承，对他们来说至关重要。“多谢前辈！”三人再次行礼，随后一同踏入了光门之中。
光门之后，是一片广阔无垠的秘境。秘境中，一座座悬浮的山峰上，刻满了历代大帝的功法与法则感悟；山谷中，生长着无数种只存在于传说中的灵草仙药，散发着浓郁的灵气；湖泊中，流淌着蕴含本源之力的灵液，能快速修复修士的本源损伤。
灵玥三人各自散开，寻找适合自己的传承。灵玥来到一座刻有“生灭之道”的山峰前，山峰上的符文仿佛拥有生命般，不断流转。她盘膝而坐，将心神沉入符文之中，瞬间感受到了历代生灭大帝的感悟。那些感悟如同潮水般涌入脑海，让她对生灭同源奥义的理解更加深刻。
石坚则来到一片布满金色纹路的平原上，平原上的纹路正是《鸿蒙金刚体》的完整版功法。他站起身，按照功法的指引，开始运转肉身之力。每一次运转，都能感受到平原上的金色纹路传来一股庞大的力量，融入他的肉身之中，让他的金刚之体愈发强悍。
林风则来到一座悬浮的空间塔前，塔身布满了空间法则符文。他踏入塔中，瞬间被无数道空间之力包裹。塔内的每一层，都对应着一种空间法则的运用，从空间穿梭到空间禁锢，从空间切割到空间创造，应有尽有。林风沉浸在空间法则的海洋中，修为飞速提升。
又是千年时间，归墟秘境中的传承被三人尽数汲取。灵玥的修为突破至大帝境后期，生灭之力已然能轻易创造或毁灭一颗恒星；石坚的肉身强度达到了大帝境巅峰，甚至能硬抗超脱境强者的一击；林风的空间之力更是出神入化，能开辟出一个小型宇宙，将敌人困于其中。
当三人走出归墟秘境时，鸿蒙始帝的虚影再次出现。他看着三人，眼中带着一丝欣慰：“很好，你们已然成为鸿蒙宇宙最强大的守护者。如今，归墟之地的使命已然完成，吾的残魂也将彻底消散。临走之前，吾有最后一件事托付给你们。”
鸿蒙始帝抬手一挥，一枚古朴的宇宙星图出现在三人面前。星图上，标注着无数个星系的位置，其中一些星系被红色的光点标注，散发着危险的气息。“这是宇宙星图，上面标注的红色光点，是外域混沌势力的据点。未来，你们需要带领联盟修士，逐一清除这些据点，将混沌势力彻底赶出我们的宇宙。”
“晚辈定不辱使命！”三人齐声应答，眼中充满了坚定。
鸿蒙始帝点了点头，身影逐渐变得透明：“记住，宇宙的安宁，需要一代又一代的守护者传承。薪火不息，宇宙不灭。吾去也……”
话音落下，鸿蒙始帝的虚影彻底消散，归墟之地的混沌云团缓缓停止旋转，化作一道金色的本源光柱，融入了鸿蒙圣剑之中。圣剑瞬间爆发出耀眼的光芒，带着三人的身影，化作一道流光，冲出了归墟之地，朝着鸿蒙圣殿的方向飞去。
回到鸿蒙圣殿时，联盟修士们早已在此等候。当他们看到灵玥三人身上散发出的大帝境后期乃至巅峰的气息时，纷纷欢呼雀跃，躬身行礼：“恭迎三位大帝归来！”
灵玥三人落在圣殿广场上，灵玥手持鸿蒙圣剑，高高举起：“诸位道友，归墟之行，我们不仅稳固了修为，更得知了外域混沌势力的威胁。未来，我们将带领大家，清除混沌据点，守护宇宙安宁！”
“愿随三位大帝，征战宇宙！”百万修士齐声高呼，声音震彻寰宇。
接下来的十万年，成为了鸿蒙宇宙最波澜壮阔的征战时代。灵玥三人带领联盟修士，以鸿蒙圣剑为核心，乘坐着由林风开辟的空间传送阵，逐一清除星图上的红色光点。
每一个混沌据点，都有强大的混沌强者驻守。有的据点由混沌王坐镇，实力堪比大帝境初期；有的据点由混沌尊主驻守，实力达到大帝境中期；甚至有一个据点，由混