惧，吴三桂陷入了两难，军队也停在了半路上，踟蹰不前。
而此时的李自成，已经被胜利冲昏了头脑。他觉得自己有百万大军，吴三桂那点兵力根本不值一提，既然招降不成，那就直接打。崇祯十七年四月十三，李自成亲率十万大顺军，带着吴襄的囚车，浩浩荡荡地向山海关进军。他以为，只要大军一到，吴三桂要么投降，要么被当场剿灭，却没料到，吴三桂早已偷偷派人去联系关外的清军，想借助清军的力量，对抗大顺军。
清军的摄政王多尔衮，早就等着入主中原的机会。接到吴三桂的求救信后，他立刻率领清军主力，星夜兼程赶往山海关，却又按兵不动，等着吴三桂彻底投降。四月二十二，李自成的大顺军和吴三桂的关宁铁骑，在山海关外的一片石展开了厮杀。
那是一场惨烈到极致的战斗。大顺军士兵凭着人多势众，一波波地往前冲，关宁铁骑则靠着精良的装备和顽强的意志，死死守住阵地。刀光剑影里，士兵的惨叫声、战马的嘶鸣声、兵器的碰撞声混在一起，鲜血顺着地面流淌，汇成小溪。李自成站在阵前，看着战场上的厮杀，心里还想着：再打一会儿，吴三桂就撑不住了。可他没注意到，远处的清军大营里，玄色的旗帜已经慢慢升起，清军士兵正握着马刀，眼神里透着凶狠的光。
正午时分，正当大顺军和关宁铁骑打得筋疲力尽的时候，多尔衮突然下令：清军出击！瞬间，数万清军骑兵像一道黑色的闪电，从侧面冲了出来，直扑大顺军的阵脚。原本往前冲的大顺军士兵，猛地瞥见对面旗号上的“清”字，瞬间懵了——他们跟明军打了十几年，却从没跟清军正面交锋过，清军骑兵的冲击力，远远超出了他们的想象。
大顺军的阵形，瞬间被清军冲乱。士兵们开始慌了，有的想往前冲，有的想往后退，互相推搡践踏。吴三桂的关宁铁骑，见状也来了精神，跟着清军一起反击。李自成试图指挥军队稳住阵脚，可他的命令，在混乱的战场上根本传不下去——士兵们要么被清军的马刀砍倒，要么被自己人撞倒，原本整齐的队伍，变成了一盘散沙。
这场战斗，从中午一直打到傍晚，大顺军几乎全军覆灭。地上躺满了士兵的尸体，兵器、铠甲丢得满地都是，鲜血浸透了土壤。李自成骑着马，在亲兵的护卫下，看着身后溃败的军队和满地的尸体，眼神里满是绝望——他怎么也没想到，自己亲率的十万大军，竟然会败得这么惨。
山海关之战的惨败，成了李自成百万大军崩塌的导火索。四月二十六，李自成带着残兵败将逃回北京，此时他身边的士兵，已经不足三万人。他知道，北京是守不住了，清军和吴三桂的军队很快就会追来。四月二十九，李自成在紫禁城匆匆举行了登基大典，算是圆了自己的皇帝梦，可这场大典，没有丝毫的喜庆，反而透着一股悲凉。第二天一早，李自成就率领残部，带着从北京劫掠的财物，火烧紫禁城（只烧了部分宫殿），向西退守西安——那是他大顺政权的发源地，也是他最后的希望。
可李自成没想到，清军根本不给他们喘息的机会。多尔衮派阿济格、多铎率领清军主力，分两路追击大顺军，一路从山西攻入陕西，一路从河南逼近西安。而那些原本已经投降大顺的明朝降将，见李自成兵败，也纷纷反水——山西的姜镶、山东的方大猷、河北的唐通，一个个都竖起了反顺的旗帜，有的投降清军，有的投靠南明，还反过来攻打大顺军的驻地。大顺军原本分散在各地的兵力，要么被降将消灭，要么被清军击溃，兵力骤减，原本的百万大军，此时已经只剩下三十万人左右。
崇祯十八年（公元1645年）正月，清军主力包围了西安的门户——潼关。潼关地势险要，易守难攻，李自成派大将刘宗敏率领大顺军主力驻守，想凭借潼关的天险，挡住清军的进攻。一场持续十三天的恶战，就此打响。
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清军一开始用火炮轰击潼关城头，大顺军士兵躲在城墙后面，用弓箭、滚石反击，火炮的轰鸣声震得城墙都在发抖，滚石砸在清军士兵的身上，瞬间就能把人砸得血肉模糊。可清军的火炮越来越密集，潼关城头的防御工事，慢慢被炸毁，大顺军士兵的伤亡也越来越大。到了第十三天，清军趁着夜色，派一支精锐部队从潼关侧面的小路，偷偷爬上了城头，大顺军士兵猝不及防，被清军杀得大败。刘宗敏想组织军队反击，可士兵们已经没了斗志，只能眼睁睁看着清军占领潼关。
潼关失守，西安就成了一座孤城。李自成知道，西安也守不住了，他只能再次率领残部，放弃西安，经蓝田、商州，走武关，一路向南，退入湖北境内。此时的大顺军，已经没了当初的锐气，士兵们一路逃亡，粮草补给越来越困难，很多士兵因为饥饿、疾病，死在了路上，还有一些士兵，偷偷离开了军队，逃回了老家——他们跟着李自成打仗，是为了活下去，可现在，活下去都成了奢望，谁还愿意再跟着他拼命？
屋漏偏逢连夜雨，就在大顺军退入湖北，还没来得及站稳脚跟的时候，一场意外，彻底断送了这支军队的希望。崇祯十八年五月，李自成率领二十名轻骑，来到湖北通城的九宫山，想登山探路，看看附近有没有适合驻军的地方，顺便找点粮食。九宫山山林茂密，雾气很重，当地的村民因为常年受到盗贼的侵扰，组织了一支民兵队伍，专门防备盗贼。李自成一行人穿着便装，骑着马在山林里穿行，被民兵当成了前来劫掠的盗贼，悄悄围了上来。
民兵们拿着锄头、镰刀，猛地冲向李自成的队伍。李自成的亲兵虽然勇猛，可毕竟只有二十人，面对数十名民兵，根本招架不住。混乱中，一名民兵拿着锄头，朝着李自成的后背狠狠砸了下去，李自成惨叫一声，摔倒在地，当场身亡。这名民兵直到后来，才知道自己打死的，竟然是曾