与此同时，卢方舟彻底改革科举旧制，在经义、诗赋之外，新设六科实用之学，取士不再只看空谈义理：
一是算学科，教授算术、几何、度量衡之学，培养能统筹财税、测算工程、规划粮草的实干之才。
二是格物科，讲授天文、地理、物理、化学之理，鼓励学子观天地、察万物、究原理，用以制器、测地、修历、造械。
三是兵学科，研习兵法谋略、战阵部署、火炮操演、水师战法，为新军选拔年轻将才，充实行伍。
四是工程科，传授水利修筑、道路铺设、城池营造、船舶建造之术，专育能修堤、开路、筑城、造船的工匠之才。
五是吏治科，明为官之道、吏治之法、安民之术，培养清廉务实、体恤民情的地方官吏。
六是农商科，教习耕植、改良作物、经营商贸、远洋贸易，以强本、富国、利民。
科举一改，天下学风顿变。
无数身怀实学、精通技艺的读书人脱颖而出，再非只会死读经书、空谈心性的腐儒。
短短两年，大明文风、技风、学风一并兴盛，书院遍布州县，讲学之声不绝于耳，战乱中荒废数十年的教化，一朝重兴，气象蒸蒸日上。
除此之外，卢方舟还大力整顿吏治，严惩贪官污吏、奸佞之臣。
无论其出身何等显赫、官职何等之高，一旦查实贪腐、渎职之举，必严惩不贷，抄家灭族者不在少数。
同时，他打破门第限制，提拔清正廉明、有真才实学之人。
无论是跟随他一路走来、忠心耿耿的宣府系旧部，还是前朝遗留的贤能之臣，亦或是科举选拔出的新锐学子，皆能各尽其才、各展其能。
朝堂之上，风气一新，少有官员再敢明目张胆地徇私舞弊、贪赃枉法。
他安抚流民，派遣官员分赴各地，收拢战乱流离之人，给予粮食、种子、农具，迁徙他们前往辽东、朝鲜、缅甸等地，开垦荒地、发展生产。
既解决了流民作乱的隐患，也充实了边境人口，推动了边境地区的开发。
他兴修水利，派遣治水能臣，疏通黄河、淮河、长江等主要河道，治理常年泛滥的水患。
修建堤坝、水渠，灌溉农田，让江南、中原等粮食主产区，再也不必饱受水患之苦，粮食产量得以进一步提升。
他规范货币，统一铸造大明通宝，严禁私铸货币、掺假铸币，规范货币流通，让全国的商贸往来更加顺畅，进一步推动了经济的繁荣与发展。
他下令在全国范围内修路，以京城为中心，修建通往各省、各州、各县的官道。
拓宽原有道路，铺设石板，修建驿站、客栈，方便官员往来、商旅通行、粮草转运，既加强了中央对地方的控制，也推动了各地的经济文化交流。
再加上陛下登基之初，在江南大肆抄家灭族，严惩那些勾结倭寇、囤积居奇、盘剥百姓、对抗朝廷的江南士绅。
几乎把之前根深蒂固的江南士绅阶层的脊梁彻底打断，他们的家产、土地尽数被收归朝廷，充盈了国库。
正是有了这些大量的资金、土地，朝廷才能在短短两年内，安抚过去数十年战乱造成的混乱。
安置各地百姓、恢复农业生产、大规模造船、打造兵工、兴办教育、兴修水利，同时支撑起四面征战的庞大耗费，诸多新政得以顺利推行。
大明才能在短短两年内，实现从战乱废墟到盛世雏形的蜕变。
而武功之上，启明朝对外征伐的步伐，从未停歇。
大明的版图，也在卢方舟的手中，一步步不断扩张，疆域之辽阔，远超前朝，扬华夏之威，震四夷之心。
启明元年五月，郑成功已升任福建水师总兵官，奉命率领南方水师出征台湾。
彼时台湾被红毛番窃据，郑成功率领南方水师，凭借陛下亲自下令打造的新式炮舰、精锐将士，以及充足的粮草补给，扬帆起航，横渡台湾海峡。
仅用一个多月的时间，便一举驱逐红毛番，收复台湾全境，将这座战略要地、华夏故土，彻底纳入大明版图。
收复台湾后，郑成功并未停歇。
红毛番不甘失败，联合佛郎机人，调集舰队，试图夺回台湾、反扑大明东南沿海。
双方在台湾海峡、澎湖列岛一带，先后展开数场激战。
郑成功率领南方水师，凭借新式炮舰的威力、娴熟的海战战术，以及将士们的悍勇无畏，屡战屡胜。
先后击毁红毛番与佛郎机联军战舰十几艘，生擒联军将领数人，缴获大量火炮、弹药、战船，彻底击溃了西洋人的反扑势力，让西洋人再也不敢轻易觊觎大明沿海。
随后，卢方舟下旨，命郑成功挥师南下，收复濠镜澳（澳门）。
彼时濠镜澳已经被佛郎机人盘踞多年，他们在当地修建炮台、据点，凭借坚固的防御工事，负隅顽抗，妄图继续霸占这片土地。
郑成功水师官兵临濠镜澳，并未急于进攻，而是先以火炮猛烈轰击佛郎机人的炮台，摧毁其防御工事，瓦解其抵抗意志，随后派遣精锐步兵登陆，逐层清剿盘踞在城内的佛郎机人。
佛郎机人见大势已去，援军无望，不得不献城投降，交出所有武器、据点，狼狈撤离濠镜澳。
收复濠镜澳后，卢方舟下令，彻底驱逐所有盘踞在大明沿海的西洋势力。
拆除其修建的所有炮台、据点、商贸据点，查封其囤积的货物，严禁西洋人未经朝廷允许，擅自进入大明沿海通商、定居。
从而，彻底肃清了西洋人在大明东南沿海的残余势力，稳固了大明的海疆，让大明的东南沿海，再也不受西洋人、倭寇的侵扰。
水上战事如火如荼，陆上征战亦未曾停歇，大明的铁骑，踏遍了四方疆土。
启明初年，孙可望投降后，被卢方舟勒令率领其残部，在派出监军