周围的地区，职责重大，不能用来优待礼遇名将。汉光武帝不以政务官职安置功臣，实际上是更看重他们。邓羌有廉颇、李牧的才能，朕正要把征伐的事情委托给他，向北平定匈奴，向南扫荡扬、越之地，这才是邓羌的责任，司隶校尉怎么值得交给他呢！晋升他为镇军将军，赐位特进。”
九月，前秦王苻坚返回长安。归安元侯李俨在上邽去世，苻坚又任命李俨的儿子李辩为河州刺史。
冬季，十月，前秦王苻坚前往邺城，在西山狩猎，十几天都流连忘返。乐工王洛拉住马劝谏说：“陛下为百姓所依托，如今长时间狩猎不归，一旦发生意想不到的祸患，让太后和天下人怎么办呢！”苻坚因此停止狩猎返回王宫。王猛趁机进言说：“狩猎确实不是紧要事务，但王洛的话，不可忘记。”苻坚赏赐王洛一百匹帛，授予他箴规左右的官职，从此不再狩猎。
大司马桓温倚仗他的才能、谋略、地位和声望，暗中怀有篡夺皇位的野心，曾经抚摸着枕头叹息说：“男子汉如果不能流芳百世，也应当遗臭万年！”方术之士杜炅能预知人的贵贱，桓温问他自己的官位能到什么地步，杜炅说：“明公的功勋举世无双，官位能到人臣的顶峰。”桓温听后不高兴。桓温想先在河朔地区建立战功，以此赢得时望，回来后接受加九锡的礼遇。等到在枋头失败，威名顿时受挫。攻克寿春后，他对参军郗超说：“这足以雪洗枋头之败的耻辱了吧？”郗超说：“没有。”过了很久，郗超到桓温的住所留宿，半夜时分对桓温说：“明公难道没有什么顾虑吗？”桓温说：“你想说什么？”郗超说：“明公承担着天下的重任，如今已年届六十，却在重大行动中失败，如果不建立非常的功勋，就不足以镇服、满足百姓的愿望！”桓温说：“那么该怎么办呢？”郗超说：“明公如果不效仿伊尹、霍光废立皇帝的做法，就无法建立巨大的威权，镇压四海。”桓温一向有此心意，深以为然，于是就和他定下计议。考虑到皇帝平时谨慎没有什么过错，而床笫之事容易诬陷，于是就说“皇帝早有阳痿的毛病，他宠幸的相龙、计好、朱炅宝等人，参与服侍内宫起居，与田氏、孟氏两位美人生下了三个儿子，将要设立太子赐封王位，倾覆转移皇室的根基。”秘密地将这些话在民间传播，当时的人们都无法辨别真假。
十一月，癸卯（初九），桓温准备从广陵返回姑孰，驻扎在白石。丁未（十三日），抵达建康，含蓄地劝说褚太后，请求废黜皇帝司马奕，立丞相会稽王司马昱为帝，同时还草拟了诏令进呈给太后。太后当时正在佛屋烧香，内侍报告说：“外面有紧急奏章。”太后出来，倚着门看了几行奏章，就说：“我自己本来就怀疑有这种事！”看到一半便停下，索要笔加上了一句：“未亡人（太后自称）不幸遭受这百般忧患，感念生者和死者，心如刀割。”
己酉（十五日），桓温在朝堂召集百官。废立皇帝既然是历代所没有过的事情，没有人知道过去的典则，百官都震惊恐惧。桓温也神色紧张，不知该怎么办。尚书仆射王彪之知道事情无法阻止，就对桓温说：“明公辅佐皇室，应当借鉴前代的作法。”于是就命令取来《霍光传》，礼仪法度很快就决定了。王彪之身穿朝服站在朝堂上，神态坚毅，毫无惧色。文武官员的礼仪准则，没有不从他那里取法决定的，朝廷百官因此都很佩服他。于是宣布太后的诏令，将皇帝废黜为东海王，由丞相、录尚书事、会稽王司马昱继承皇位。百官进入太极前殿，桓温派督护竺瑶、散骑侍郎刘亨收取了皇帝的玺印绶带。司马奕头戴白帽，身穿单衣，走下西堂，乘坐牛车出了神虎门，群臣叩拜辞别，没有不唏嘘叹息的。侍御史、殿中监带领一百名士兵护送到东海王的宅第。桓温率领百官准备好皇帝的车驾，到会稽王府邸迎接会稽王司马昱。司马昱在朝堂更换了服装，戴着平顶的头巾，穿着单衣，面向东流着眼泪，拜受玺印绶带，当天即皇帝位，改年号。桓温暂时住在中堂，分派兵力屯驻守卫。桓温脚有毛病，皇帝下诏允许他可以乘车进入殿堂。桓温事先准备好了言辞，想陈述废立皇帝的本意，皇帝召见他，一见面就流下了几十行眼泪，桓温敬畏惶恐，竟然一句话也说不出来就出来了。
太宰武陵王司马曦，喜好习武练兵，被桓温所忌惮，想废黜他，就把此事告诉了王彪之。王彪之说：“武陵王是皇室的尊亲，没有明显的罪过，不能因为猜疑嫌隙就轻易废黜迁徙。明公建立圣明的朝廷，应当尊崇辅佐王室，与伊尹、周公媲美；这是大事，应该再仔细考虑。”桓温说：“这已经是决定了的事情，你不要再说了！”乙卯（二十一日），桓温上表称：“司马曦招纳轻浮急躁之徒，儿子司马综自负残忍；袁真叛逆，事情与他有牵连。近来他猜疑恐惧，将会成为祸乱的起因。请求免除司马曦的官职，让他以王的身份返回封地。”皇帝同意了，同时免除了他的世子司马综、梁王司马逢等人的官职。桓温派魏郡太守毛安之率领他的部下在宫中值宿守卫。毛安之是毛虎生的弟弟。
庚戌（十六日），尊奉褚太后为崇德太后。
当初，殷浩去世时，大司马桓温派人送信去吊唁。殷浩的儿子殷涓既不回信，也不到桓温那里去，却与武陵王司马曦交游。广州刺史庾蕴，是庾希的弟弟，一向与桓温有隔阂。桓温厌恶殷氏、庾氏宗族强大，想除掉他们。辛亥（十七日），派他的弟弟桓秘逼迫新蔡王司马晃到西堂叩头自述，声称与司马曦及其儿子司马综、着作郎殷涓、太宰长史庾倩、掾曹秀、舍人刘强、散骑常侍庾柔等人阴谋反叛；皇帝面对他流下了眼泪，桓温将这些人全部逮捕交付廷尉治罪。庾倩、庾柔都是庾蕴的弟弟。癸丑（十九日），桓温杀掉了东海王的三个儿子和他们的母亲。甲寅（二十日），御史中丞、谯王司马恬秉承桓温的旨意，请求依据法律诛杀武陵王司马曦。皇帝下诏说：“悲痛惋惜，惶恐不安，不忍心听闻，更何况是说出口呢！再仔细商议吧！”司马恬是司马承的孙子。乙卯