他请教打仗的事，刘秀说：“从前卫灵公请教作战阵形，孔子不回答。这不是你该问的事。”邓禹、贾复知道刘秀放下武器，推行文治，不愿功臣身在洛阳而手握重兵，于是主动交出兵权，潜心研究儒学。刘秀也考虑到功臣们今后的处境，想保全他们的爵位封地，不让他们因担任官职而有过失，于是撤销左将军、右将军的官职。耿弇等人也交出大将军、将军的印信绶带，全都以侯爵身份离开朝廷，回到自己的宅第。加授特进（荣誉衔），定期参加朝会。邓禹为人敦厚，修养德行，有十三个儿子，让他们各自研习一门技艺，治家严谨，教养子孙，都可以成为后世的楷模。家里的开支取自封地的收入，不置办产业。贾复为人刚毅正直，有大节。回到宅第后，闭门修养威仪重德。朱祜等人推荐贾复适宜担任宰相，而刘秀正责成三公（司徒、司空、太尉）处理具体政务，所以功臣都不被任用。这时，列侯中只有高密侯邓禹、固始侯李通、胶东侯贾复三人和三公九卿一起议论国家大事，恩宠深厚。刘秀虽然控制功臣，但往往能曲意宽容，原谅他们的小过失。远方进贡的珍味美食，一定先遍赐诸侯，而太官（御厨房）都没有多余的。因此功臣们都保全了福分和禄位，没有被诛杀或谴责的。
（恢复礼乐）： 益州用驿车传送公孙述的盲人乐师、郊庙祭祀的乐器、葆车（仪仗车）、舆辇（帝王车驾），于是皇家仪仗才开始完备。当时战争已经平息，天下事情不多，公文的往来和差役的调遣，务求简省节约，只有从前的十分之一。
（窦融谦退）： 甲寅（四月甲寅日）：任命冀州牧窦融为大司空。窦融自认为不是刘秀的旧臣，一旦入朝，地位在功臣之上，每当朝会进见，神情辞意都十分谦卑恭敬，刘秀因此更加亲近厚待他。窦融谨慎小心，内心长久不安，多次辞让爵位和官职，上书说：“我窦融有儿子，早晚教导他们研习儒家的经学，不让他们学习天文，不准阅读预言书（谶记），实在想让他们谦恭肃敬地敬畏朝廷，恪守正道，不愿他们有才能，何况竟要把广大的土地和城邑传给他们，享受过去诸侯王的封国呢！”因此又请求单独晋见，刘秀不准。后来朝会完毕，窦融退到席位后面徘徊，刘秀知道他又要辞让，就让左右侍从催促他离开。几天后，刘秀接见窦融，首先就说：“那天我知道你要辞职，归还封土，所以让左右告诉你：天气太热，暂且去自己消暑。今天见面，应当谈论别的事，不能再提辞职的事。”窦融不敢再提请求。
五月： 匈奴侵犯河东郡（治今山西夏县西北）。
世祖光武皇帝中之下 建武十四年（戊戌年，公元38年）
夏： 邛谷王任贵派使者呈报三年的计簿（人口、赋税等统计报告），刘秀随即任命任贵为越巂郡（治今四川西昌东南）太守。
秋： 会稽郡（治今浙江绍兴）发生大瘟疫。
（西域求都护）： 莎车王贤、鄯善王安都派使者进贡。西域各国苦于匈奴的沉重赋敛，都愿意归属汉朝，请求汉朝重新设置都护。刘秀认为中原刚刚安定，没有答应。
（刑罚争议）： 太中大夫梁统上书：“臣私下看到元帝初元五年（前44年），减轻死罪的有三十四件；哀帝建平元年（前6年），减轻死罪的有八十一件；其中四十二件是亲手杀人的，减死一等。从此以后，成为惯例，所以人们轻易犯法，官吏也轻易杀人。臣听说立君之道，应以仁义为主。仁就是爱人，义就是坚持真理。爱人就要以除暴安良为要务，坚持真理就要以消除祸乱为中心。刑罚应当适中恰当，不能偏轻。高帝（刘邦）承受天命，制定法令，确实很恰当。文帝（刘恒）只是废除了肉刑和连坐法，其余都遵循旧制。到哀帝、平帝继位，在位时间短，处理案件不多。丞相王嘉随意改动法律，删减先帝的旧律成法，几年之间多达百余件，有的不合道理，有的不能满足民心。谨将其中对政体危害最大的部分，附表奏上。希望陛下命令主管部门，仔细选择好的律条，制定一部不可更改的法典。”刘秀把奏章交给公卿讨论。光禄勋杜林上奏：“大汉初兴时，废除苛政，四海欢腾。等到以后，法令逐渐增多。连果桃蔬菜之类的馈赠，都集中起来算作赃物。一些小事本不妨害大义，却判以死刑。以至于法律不能禁止，命令不能制止，上下互相逃避，弊病更深。臣愚以为应沿用旧制，不宜改变。”梁统再次上书：“臣所奏请的，不是主张严刑。《经》书上说：‘治理百姓，刑罚要适中。’‘中’的意思是不轻不重。从高祖到孝宣帝，天下大治。到初元、建平年间，盗贼反而增多，都是因为刑罚不适当，使愚昧之人轻易犯法造成的。由此看来，减轻刑罚的做法，反而酿成大祸。对为非作歹的人施恩惠，却伤害了善良的人！”刘秀将他的建议搁置，不予答复。
世祖光武皇帝中之下 建武十五年（己亥年，公元39年）
春，正月，辛丑（二十三日）： 大司徒韩歆被免职。韩歆喜好直言，从不隐瞒避讳，刘秀常常不能容忍。韩歆在刘秀面前极言年景将出现大饥荒，指天画地，言辞非常激烈直率，因此被免职，遣回故乡。刘秀仍不消气，又派使者宣读诏书责备他；韩歆和儿子韩婴都自杀了。韩歆一向有重名，无罪被逼死，众人大多不服；刘秀于是追赐钱谷，按礼仪厚葬。
司马光评论（臣光曰）： 从前殷高宗（武丁）对傅说说：“如果药物不能使人感到头晕目眩，病就不会痊愈。”恳切直率的言论，对臣子不利，却是国家的福分。所以君主日夜寻求，唯恐听不到。可惜啊，在光武帝时代，韩歆却因直言进谏而死，这岂不成了仁明之主的污点吗！
丁未（二十九日）： 有异星出现在昴宿（星官名）。
（人事变动）： 任命汝南太守欧阳歙为大司徒。
（匈奴侵扰）： 匈奴的侵扰掠夺日益严重，州郡无力禁止。二月，刘秀派遣吴汉率领马成、马武等北上攻打匈奴，将雁门郡（治今山西右玉东南）、代郡（治今