我们都知道王安石第一次被罢相之后便去了江宁府任职，但他的儿子王雱却是继续留在京城为官，吕惠卿在这期间对王安石的所作所为可是让王雱给看在眼里恨在了心里。在王雱的心里，吕惠卿这时候早已不是自己父亲的亲密战友和助手，而是一个叛徒加小人，他早就想收拾吕惠卿了。
在王雱看来，李士宁的这次案发以及范百禄坚持要治罪李士宁以祸及王安石的举动都是吕惠卿这个卑鄙小人在背后指使，王安石可以为了大局而不去捅破这层窗户纸，但年轻气盛的王雱却不想继续忍气吞声。就在王雱想着该怎么收拾吕惠卿的时候，吕惠卿却在他的背后狠狠地捅了他一刀。
这年的六月，王安石将自己主持修订的《三经新义》进呈给了神宗。这个“三经”指的是《诗》《书》《周礼义》，王安石所呈上来的《三经新义》就是对这三本典籍的重新注释，换句话说，这就是以后的宋朝学子们的官方教材。用反对者的话来说，王安石这样做是在禁锢宋朝的人文思想，因为以后学子们考试的题目就是按照这个《三经新义》里的内容来的。
刻薄的说法就是，王安石这样做是在给宋朝的学子们洗脑，是在向他们灌输他个人的“三观”，更是在扼杀宋朝的学术自由。但是，这事从另一个方面来说却另有一番解释，用神宗皇帝的话来说此事就是功德无量：今谈经者言人人殊，何以一道德？卿所撰经义，其以颁行，使学者归一。
我们也说了，这本《三经新义》是王安石主持编修的，但这里面还有其他人也参与了相关学术的编修，这其中就有吕惠卿、王雱以及吕惠卿的弟弟吕升卿等人。为了表彰这些人的功劳，神宗皇帝特意下旨对这些参与此书编修的人员予以推恩：王安石加尚书左仆射兼门下侍郎，吕惠卿加给事中，王雱加龙图阁直学士，吕升卿加直集贤院。
按照宋朝的官场惯例，面对皇帝陛下的赏赐，这些人都得谦虚地上表推辞一番，然后皇帝再予以驳回，此事就此皆大欢喜，可偏偏事情就出在“谦虚”这个事上。
王安石和吕惠卿的谦辞都被神宗当场驳回，而到了王雱这里却出了问题，他上表说自己因为身体不适并没有在修书上面出多少力，况且他又是宰相的儿子，所以他应该避嫌。这事很明显就是王雱在按照官场套路为自己找的一个理由，神宗也决定驳回他的请辞，可就在这时候吕惠卿却跳了出来建议神宗接受王雱的请辞。
吕惠卿说道：“陛下，王雱说的没错，他毕竟是宰相大人的儿子，他能够这样做更是显得其品行高洁，你应该成全他的这个美名啊！”
王安石当时就在吕惠卿旁边，可他能说什么？以他的德行和为人，他会对吕惠卿横眉怒对吗？更何况，他本人年轻时就经常干王雱现在做的这种事，所以他也不觉得吕惠卿这样做有多过分，反正王雱以后还有大把的时间和机会去展现他的能力和本事。然而，王安石可以对此事毫无介怀，但年轻气盛的王雱在得知这件事情后却是勃然大怒，我们甚至于可以说王雱就是因为此事而英年早逝。
此话怎讲呢？因为此时的王雱已经是身患背疽之症，这种病如果发生在中老年身上那指定是一两年内必死，王雱因为年轻所以还能勉强扛得住。但是，这个病有一个忌讳，那就是不能动怒，情绪的暴躁会加速这种病情的恶化，乃至于导致其提前死亡。遗憾的是，王雱恰好就是一个嫉恶如仇的烈性子，吕惠卿插在他背后的这把刀让他怒火攻心的同时也让他病情加重，可他现在顾不得这些，他只想尽快地除掉吕惠卿这个变法派里的叛徒。
通过之前的种种讲述，想必我们现在都应该知道此时的变法派内部早已经产生了分裂。王安石走之前，变法派虽然有了裂痕但却还是一个整体，可在他走后，吕惠卿通过打击异己和招揽人心从而自立了山头，当王安石再次回京之后，变法派就此分成了三派：王安石、吕惠卿、中间派。这就是变法派此时的真相，表面一团和气，但实则已然分裂。
具体来说，王安石作为变法派的领袖当然是希望所有人都能团结一心，他本人不可能亲自去参与争斗，他这一派其实是他的儿子王雱在举旗，而随着王安石的回京，之前迅速跟吕惠卿结成同盟的御史中丞邓绾紧急调换阵营站到了王雱的身后。王雱身边的另一个大将则是吕嘉问，他在王安石回京之后也很快就被调回了京城。因此，若论实力，王雱这边明显强于吕惠卿，可吕惠卿也不是那么好对付的，他之前通过恩威并施的手段让其麾下也聚集起了一批铁杆。
王雱对吕惠卿的反击很快就来临了。这年七月，御史蔡承禧一纸弹劾奏疏把吕惠卿的弟弟吕升卿给告了一状，事由是吕升卿在主持国子监考试的时候有徇私的嫌隙，因为这次考试位在高等的人是一个名叫方通的学子，而这人的身份却是异常敏感，因为他是吕惠卿的小舅子。不管这里面有没有徇私的行为，但事实已经是摆在了众人的面前，宋朝的官员遇到这种事只能有一个结局，那就是自请罢职，吕升卿于是被赶出了国子监转而到太常寺去当职。
出了这么大的一个丑闻，吕惠卿也赶紧上奏请辞，但赵顼却拒绝其请。吕惠卿这回倒是表现得很要脸，他坚持居家待罪不出（不去上班）以表明自己坚决请辞的态度，赵顼最后派王安石和他的亲信太监冯宗道亲自去吕惠卿家里给他做思想工作让他同意回去上班，可吕惠卿还是坚决请求赵顼将他外贬。赵顼又派王安石和参知政事王珪一道再去规劝吕惠卿，可老吕这一回变现得可谓是“铁骨铮铮”，他就是不回去上班并请求当面向神宗诉说陈情。
君臣见面这天，赵顼直言吕升卿犯的事只代表其本人，他绝不会因此而牵连吕惠卿，可吕惠卿却说他之所以请辞并非单单只为此事，而是因为他感觉自己现在没法继续在中书省待下去了。
简而言之，吕惠卿向赵顼坦言他认为王安石