这次回京复相之后对他有了戒心和怀疑，而且王安石也总是经常请病假，这让他感觉王安石是在有意疏远他。再者，他与王安石在工作中也多有意见不合之处，他又不愿违背本心一味地附和王安石，所以他觉得自己应该离开京城，如此便可让王安石心无旁骛地为国理政。最重要的是，吕惠卿自认为自己的治国才能比不了王安石，所以他就更没有必要继续待下去了。
这是吕惠卿第一次在正式场合表明自己与王安石不合，我们换个角度来说，这也可以理解为吕惠卿是在让神宗做出选择，要么他走，要么王安石走。可是，神宗这会儿怎么可能让王安石走？但他也不想就这样把吕惠卿给赶出京城，他要的是团结，他希望吕惠卿能够和王安石像从前那样精诚合作。
吕惠卿没有达到自己的目的，所以这次请对之后他仍然是拒不上班。又是一番请辞和拒绝之后，赵顼再次召见吕惠卿，他也再度表明了不会让吕惠卿外出任职的决心，而且他还半威胁性质地告谕吕惠卿：“安石政事，即朕之政事也！”
这就是说，王安石的意志也就是他这个皇帝的意志，所以你吕惠卿以后只管按照王安石说的来办就行了，其他的心思你暂且收起来，你对工作有意见可以，但你只能保留。话已经说到这个份上，吕惠卿知道自己再强拗下去也没有任何意义了，皇帝给你脸你就得兜着，继续装下去可能就不会有什么好果子吃。于是，吕惠卿这才心不甘情不愿地收回了辞呈。
这样的结果其实是王安石乐于见到的，他一直寄希望于能够通过自己的真诚相待打消吕惠卿对他的疑虑，可作为心里有鬼且手上也不干净的人，无论王安石说什么和做什么都能让吕惠卿产生异样的想法和杂念。他不认为王安石有那么高尚，因为他不相信这世上有那样的人，毕竟他自己就不是那样的人。与此同时，吕惠卿的留任却让另外两个人感到极度不满，一个当然是王雱，另一个则是当朝的另一位宰相韩绛。
韩绛之所以请赵顼下诏把王安石请回来就是为了要把吕惠卿给赶走，可如今半年过去了，王安石根本没有要跟吕惠卿算账的意思。此外，韩绛与王安石之间也开始心生嫌隙。这不是说韩绛想跟王安石争权，而是他觉得王安石变了，此前的那个嫉恶如仇且眼睛里容不得半点沙子的王安石现在变得有些“圆滑世故”，他甚至可以为了所谓的大局而姑息某些人的不法之举，这让韩绛无法接受。也就是在这个节骨眼上，韩绛和王安石因为一项人事任命而在神宗皇帝的面前当场争执了起来。
话说王安石准备任用一个叫刘向的人，但此人之前因为犯事而被免官，韩绛就因为这一点而坚决反对任用此人，可王安石认为眼下正是用人之际且刘向确实很有才干，所以他坚持要起用此人。两人争执不下就去找神宗圣裁，赵顼则打起了马虎眼，韩绛一气之下就上奏请辞。赵顼大惊，他认为韩绛因为这么一个芝麻绿豆大的事而提出辞职实在是有些小题大做。
韩绛却不以为然地说道：“如果连此等小事都不能做到公平正义，那又何况大事乎？”
他这么一问把神宗问得是哑口无言，赵顼最后只能顺从了韩绛的意愿把刘向的任命给否决了。看样子韩绛是胜利了，可他与王安石之间的嫌隙却也就此无法缝合。作为多年的至交，两人如今走到这一步是双方都不愿意看到的，为了不使两人的关系进一步恶化，韩绛决定和王安石“和平分手”。他上奏以患病为由请求辞去宰相的职务，神宗当然也知道如今王安石、韩绛和吕惠卿之间的微妙关系，这三人显然已经到了无法共存的地步，强行把他们三人捏合在一起到最后只会更加坏事。于是，在一番象征性的挽留后，韩绛最终被罢免了宰相之职，他以礼部尚书、观文殿大学士的头衔出知许州。
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