领各路军队，讨伐钱凤的罪行。有能杀死钱凤送上首级的，封五千户侯。各级文武官员凡是被王敦任用的，一概不予追究，不要猜疑忌惮，以免自取毁灭。王敦的将士们，跟随王敦多年，远离家乡，朕非常怜悯。家中是独子的，一律遣返回家，终身不再征调；其余的人都给予三年假期，假期结束后回到朝廷，将与宿卫官兵一样轮番值勤（三番制）。”
王敦见到诏书，非常愤怒，但病情更加严重，不能亲自带兵；他准备起兵攻打京师，让记室郭璞占卜，郭璞说：“不会成功。”王敦一向怀疑郭璞帮助温峤、庾亮，等到听说是凶卦，就问郭璞：“你再算算我的寿命有多长？”郭璞说：“根据刚才的卦象，明公如果起事，灾祸不久就会来临。如果退回武昌，寿命则不可预测。”王敦大怒说：“你的寿命有多长？”郭璞说：“我的命今天就到正午时分结束。”王敦于是逮捕了郭璞，将他斩首。
王敦派钱凤以及冠军将军邓岳、前将军周抚等人率领军队向京师进发。王含对王敦说：“这是我们的家事，我应当亲自去。”于是王敦任命王含为元帅。钱凤等人问道：“事情成功之日，天子该怎么处置？”王敦说：“还没有南郊祭天，怎么能称天子！只管用尽你们的兵力，保护东海王（司马冲）和裴妃就是了。”（意即另立新君）。于是上疏，以诛杀奸臣温峤等人为名。秋季，七月，壬申朔（初一），王含等人的水陆军五万人突然到达江宁南岸，京城人心惶惶。温峤移兵驻扎在水北，烧毁了朱雀桁（朱雀桥）来挫败叛军的锐气，王含等人无法渡河。明帝本想亲自率领军队出击，听说桥已被烧断，大为恼怒。温峤说：“如今宿卫兵力弱小，征召的援军未到，如果让敌人横冲直撞，将会危及国家社稷，连宗庙恐怕都保不住了，何必吝惜一座桥呢！”
司徒王导送给王含一封信说：“近来得知大将军病重，有人说已经去世。不久知道钱凤大肆戒严，想肆行奸逆；认为兄长您应当抑制他的不轨之心，返回武昌藩镇，如今却与这些犬羊之辈一同东下。兄长的这一举动，认为能像大将军往年那样（成功）吗？往年佞臣扰乱朝政，人心不安，像我们这些人，都想着借助外援（指王敦）。如今则不然。大将军驻屯于湖以来，逐渐失去人心，君子感到危险恐惧，百姓疲惫困苦。临终之时，将重任交给安期（王应字）；安期断奶才几天？再论时望，难道可以继承宰相的位子吗？自从开天辟地以来，可有让小孩子做宰相的吗？凡是有耳朵的人，都知道这将会是禅代（篡位），不是人臣该做的事。先帝中兴晋朝，遗留的恩惠仍在民间；当今圣主聪明睿智，恩德遍及朝野。兄长却想妄生叛逆之心，凡是人臣，谁不愤慨叹息！我王导一家大小蒙受国家厚恩，今日之事，我会明目张胆，作为六军的先锋，宁可做忠臣而死，绝不做无赖而活！”王含没有回复。
有人认为“王含、钱凤的兵力是我们的百倍，苑城（台城）小而不够坚固，应该趁敌军阵势未成，陛下亲自出兵迎战”。郗鉴说：“那群叛逆纵欲放荡，势头不可阻挡，可以用计谋使他们屈服，难以用武力硬拼。况且王含等人号令不统一，士兵抢劫盗窃不断，官吏百姓鉴于往年他们暴虐抢掠，都会人人各自为守。我们凭借顺逆的形势，何愁不能攻克敌人！而且叛军没有长远的谋略，只靠像野猪般冲撞一战；相持日久，必然会启发忠义之士的心，让有智谋有能力的人得到施展机会。现在用我们弱小的力量去对抗强寇，决胜负于一朝，定成败于顷刻。万一有所失误，即使有申包胥那样的人（求救兵），心存义愤，又对已往的失败有什么补益呢！”明帝于是放弃了亲征的打算。
明帝率领各路军队出屯南皇堂。癸酉（七月初二）夜间，招募壮士，派将军段秀、中军司马曹浑等人率领身穿铠甲的士兵一千人渡河，趁敌人没有准备发动袭击。第二天清晨，在越城交战，大败敌军，斩杀了其前锋将领何康。段秀是段匹磾的弟弟。
王敦听说王含战败，大怒说：“我这个哥哥，简直像个老婢！门户衰败了。大势已去了！”他对参军吕宝说：“我要尽力起身（亲自去）。”于是用力起身，但因疲乏无力，又躺下了，于是对他的舅舅少府羊鉴和王应说：“我死后，王应立即即位，先设立朝廷百官，然后再办理丧事。”王敦不久就死了，王应秘不发丧，用草席包裹尸体，外面用蜡涂封，埋在议事厅中，然后和诸葛瑶等人日夜纵情饮酒作乐。
明帝派吴兴人沈桢去游说沈充，许诺让他当司空。沈充说：“三司是众人仰望的重任，岂是我能胜任的！礼厚言甜，正是古人所畏惧的。况且大丈夫共事，应该始终如一，怎能中途改变，那样的话天下谁还能容我！”于是发兵赶往建康。宗正卿虞潭因生病回到会稽，听说此事后，在余姚起兵讨伐沈充，明帝任命虞潭兼领会稽内史。前安东将军刘超、宣城内史钟雅都起兵讨伐沈充。义兴人周蹇杀死王敦任命的太守刘芳，平西将军祖约驱逐了王敦任命的淮南太守任台。
沈充率领一万多人与王含的军队会合，司马顾飏劝沈充说：“现在要干大事，但天子已经扼守住咽喉要地，我军锐气受挫，士气低落，相持日久，必然招致灾祸失败。现在如果决开栅塘，用玄武湖的水来淹灌京城，乘着水势，用水军发动攻击，这是上策；趁着刚到的锐气，合并东部（王含）和西部（沈充自己）军队的力量，分十路同时进攻，兵力对比超过官军一倍，按理必定能摧毁敌人，这是中策；转祸为福，召来钱凤议事，趁机杀了他向朝廷投降，这是下策。”沈充都没有采用，顾飏逃回吴地。
丁亥（七月十六日），刘遐、苏峻等率领一万精锐士兵到达建康，明帝夜间接见并慰劳他们，赏赐将士们各有差别。沈充、钱凤想趁北方部队刚到，疲乏困顿之际攻击他们，乙未（七月二十四日）夜，沈充、钱凤从竹格渚渡过秦淮河。护军将军应詹、建威将军赵胤等人抵抗，战斗不利，沈充、钱凤攻到宣阳门，拔除防御栅栏，正要进攻，刘遐、苏