正所谓‘刻天鹅不成还像鸭子’；效仿杜季良不成，就会堕落为天下轻浮子弟，正所谓‘画虎不成反像狗’。”龙伯高是山都县长，杜季良是越骑司马，都是京兆人。适逢杜保的仇人上书，控告“杜保行为轻浮，惑乱群众，伏波将军万里之外写信告诫侄子，而梁松、窦固却与他结交，这将助长他的轻浮虚伪，败坏扰乱国家。”
奏书呈上，光武帝召梁松、窦固责问，把控告书和马援的诫侄信给他们看。梁松、窦固叩头流血，才没有获罪。光武帝下诏罢免杜保的官职，提升龙述为零陵太守。梁松因此怨恨马援。
等到马援讨伐武陵蛮时，军队驻扎在下隽县，有两条路可进入蛮地：从壶头进军路近但水流险急；从充县进军路途平坦但运输线长。耿舒主张走充县道，马援认为那样会拖延时日耗费粮草，不如进军壶头，扼住蛮人咽喉，充县的蛮兵会不攻自破。马援把两种意见上报朝廷，光武帝批准了马援的策略。
于是汉军进兵壶头。蛮兵登高据守险要关隘，水流湍急，船只无法上行。正逢酷暑，很多士兵患瘟疫而死，马援也染病，于是凿岸成洞以避暑热。蛮兵每次爬到高处擂鼓呐喊，马援就拖着病腿出来观察动静，左右随从哀怜他的壮志，无不为之流泪。耿舒给他哥哥好畤侯耿弇写信说：“先前我上书建议应当先进攻充县，粮草虽难运输但兵马得以发挥作用。数万大军，人人奋勇争先。如今困在壶头无法前进，将士们忧郁行将死去，实在令人痛惜！先前在临乡，敌人无故自来，如果乘夜攻击，就可将其全歼。伏波将军像西域做生意的胡人，到一处就停住，因此失利。如今果然瘟疫流行，都如我所预言。”耿弇收到信后上奏光武帝。
光武帝于是派梁松乘驿车前去责问马援，并代理监军事务。此时马援已去世，梁松趁机诬陷马援。光武帝大怒，下令追回马援的新息侯印信绶带。
当初，马援在交趾时，常吃薏苡仁，认为能强身健体，抵御瘴气。军队班师时，载回一车。等到马援死后，有人上书诬告他，说当初运回的都是明珠和犀角。光武帝更加愤怒。马援的妻子儿女惶恐畏惧，不敢将灵柩运回祖坟安葬，只用草绳捆着草草葬在城西。宾客旧友没人敢来吊丧。马严和马援的妻子用草绳把自己捆绑起来，到宫门口请罪。光武帝拿出梁松的诬告奏书给他们看，他们才知道获罪的原因，于是上书鸣冤，前后六次，言辞哀切。
前任云阳县令、扶风人朱勃前往宫门呈递奏章为马援鸣冤：“臣私下认为已故伏波将军马援，从西州崛起，钦慕圣上大义，历经艰险，万死一生，经营陇西、冀州，谋略如泉涌，势如转圆规，出兵就有功，进军就能克敌。平定先零羌时，飞箭射穿小腿；出征交趾时，与妻儿诀别。不久又南征，立即攻陷临乡，大军已建立功业，未竟全功而死。将士们虽遭瘟疫，马援也没有独存。打仗有的因持久而建功，有的因速战而败亡；深入敌境未必正确，不进军未必错误。人之常情，谁愿意长久驻扎在绝地不想生还呢！只是马援侍奉朝廷二十二年，北出大漠，南渡江海，触冒瘴气，死于军中，名声泯灭，爵位断绝，封国不能传续，天下不知其过，百姓未闻其罪，家属闭门不敢出，灵柩不能归葬祖坟，怨隙并起，宗族亲属恐惧战栗。死者不能自白，生者无人为他申冤，臣暗自悲伤！圣明的君主重于用赏，慎于用刑。高祖曾给陈平四万斤黄金用以离间楚军，不过问支出情况，难道还会怀疑他贪污钱粮吗？希望陛下将此事交公卿评议马援的功过，决定是否恢复爵位，以满足天下人的期望。”光武帝的怒气才稍有缓解。
（附：朱勃与马援的旧事：当初朱勃十二岁就能背诵《诗经》、《书经》，常去拜见马援的哥哥马况，言辞温雅。当时马援刚开始读书，见到朱勃后自愧不如。马况明白弟弟的心情，就亲自斟酒安慰他说：“朱勃是小器速成，才智不过如此，最终还得向你学习，不要怕他。”朱勃不到二十岁，右扶风就试用他代理渭城县宰。等到马援成为将军封侯时，朱勃的官位还不过是个县令。马援后来虽然显贵，常以旧恩待朱勃但态度轻慢，而朱勃却更加亲近他。等到马援遭谗言陷害时，只有朱勃能始终如一地维护他。
谒者南阳人宗均（时任监军）在马援军中。马援死后，士兵因瘟疫死去大半，蛮兵也饥饿困乏。宗均就同将领们商议道：“如今路途遥远，士兵患病，无法作战，我想权且代表朝廷接受敌人投降，怎么样？”将领们都伏在地上不敢应声。宗均说：“忠臣远在境外，若有可以安定国家的办法，可以专断。”于是假传圣旨，调伏波将军司马吕种代理沅陵县长，命他带着诏书进入敌营，宣告朝廷的恩德信义，自己率军尾随其后。蛮人震惊恐惧。
冬季，十月： 蛮人一起杀死首领投降。于是宗均进入蛮兵大营，遣散部众，命他们各回本部，为当地设置官吏后班师，武陵蛮叛乱就此平定。宗均还未到京城，先弹劾自己假传圣旨之罪。光武帝嘉奖他的功劳，派人迎接，赏赐金帛，让他路过家乡时祭扫祖坟。
本年，辽西乌桓部落首领郝旦等率领部众归附汉朝。光武帝下诏封乌桓各级首领共八十一人为侯、王、君长，让他们定居塞内，分布在北部沿边各郡，命他们招揽本族人，官府供给衣食。于是他们成为汉朝侦察敌情的耳目，协助攻击匈奴、鲜卑。
当时司徒掾班彪上书说：“乌桓人天性轻狂狡黠，好做强盗，如果长期放纵而没有总管首领，必定会再次劫掠居民。只委派主持投降事务的低级官吏，恐怕不能控制他们。臣愚见认为应当重新设置乌桓校尉，这确实有益于招抚归附，减轻国家的边防忧虑。”光武帝采纳了他的建议，于是在上谷郡宁城恢复设置乌桓校尉，建立营府，并负责对鲜卑的赏赐、接送人质以及每年定时的双边贸易。
光武帝建武二十六年（庚戌年，公元50年）
正月： 下诏增加文武百官俸禄。千石以上的官员，俸禄低于西汉旧制；六百石以下的官员，俸禄高于旧制